r - knitr:在循环中调用 ggplot2 函数在伴随某些其他绘图函数时不会绘图

Question

我不确定这是否是一个真正的错误，或者我遗漏了什么，但它就在这里。
我有一个 ggplot 函数 (plot_data)，我想在循环中调用它。我已经将该函数包含在它自己的块中。调用该函数在循环中可以正常工作，以防万一(名为“有效”的块)，在这种情况下，plot_data 函数后跟一个条形图。然而，在第二种情况下， plot_data() 函数后跟一个热图，但奇怪的是，热图抑制了 plot_data 函数。无论是否在 plot_data 函数周围调用 plot() 或 print() 都会发生这种情况。

有没有办法让 ggplots 与 knitr 一起工作？一个函数调用到底是如何抑制前一个函数调用的输出的？

以下代码为我重现了错误:

[preamble omitted]
\begin{document}

<<setup, eval=TRUE, echo=FALSE, cache=FALSE>>=
plot_data <- function(data) {
    require(ggplot2)
    require(reshape)
    d.melt <- melt(data)
    ggplot(data=d.melt, aes(x=X2, y=value, group=X1, colour=X1)) + geom_line(size=.5) +
          scale_x_discrete("") +
          scale_y_continuous("Value")
    }
@

<<works, echo=FALSE, results='asis', out.width='.3\\linewidth', dev='pdf', cache=TRUE >>=
set.seed(10010)
data <- matrix(runif(10000, 1,100), ncol=100)
for (i in 1:10) {
    ind <- sample(1:100, 10)
    plot(plot_data(data[ind,]))
    barplot(ind)
}
@

<<doesnt-work, echo=FALSE, results='asis', out.width='.3\\linewidth', dev='pdf', cache=TRUE >>=
set.seed(10010)
data <- matrix(runif(10000, 1,100), ncol=100)
for (i in 1:10) {
    ind <- sample(1:100, 10)
    plot(plot_data(data[ind,]))  # calling print instead of plot doesn't work either
    heatmap(data[ind,]  )
}
@

\end{document}

Answer 1

我想你问了很多 knitr .在 R 中对齐基础图形和网格图形不是很容易和具有挑战性。我不知道如何knitr这样做可能使用(包 latex graphics )，但我认为是当你调用 heatmap 时，它打印在网格图的同一位置。

添加 plot.new在调用基本图形之前对我来说很好用:

<<doesnt-work, fig.show='hold',out.width='.3\\linewidth'>>=
  set.seed(10010)
data <- matrix(runif(10000, 1,100), ncol=100)
for (i in 1:3) {
  ind <- sample(1:100, 10)
  print(plot_data(data[ind,]))  # calling print instead of plot doesn't work either
  plot.new()
  heatmap(data[ind,]  )
 }
@