data.table 中的行操作

Question

我试图使用 data.table 按行执行简单的求和和均值，但我得到了意想不到的结果。我遵循了 FAQ manual for data.table 第 2 节中的帮助。我找到了一种可行的方法，但我不确定为什么常见问题解答第 2 节中的这种方法不可行。
这种方法给了我不正确的结果(即，它给了我第一列的值):

dt[, genesum:=lapply(.SD,sum), by=gene]
head(dt)

      gene      TCGA_04_1348      TCGA_04_1362   genesum  
  1:    A1BG          0.94565          0.70585  0.94565   
  2: A1BG-AS          0.97610          1.15850  0.97610   
  3:    A1CF          0.00000          0.02105  0.00000   
  4:   A2BP1          0.00300          0.04150  0.00300   
  5:   A2LD1          4.57975          5.02820  4.57975  
  6:     A2M         60.37320         36.09715 60.37320 

这给了我想要的结果

dt[, genesum:=apply(dt[,-1, with=FALSE],1, sum)]
head(dt)

       gene     TCGA_04_1348       TCGA_04_1362 genesum
  1:    A1BG          0.94565          0.70585  1.65150
  2: A1BG-AS          0.97610          1.15850  2.13460
  3:    A1CF          0.00000          0.02105  0.02105
  4:   A2BP1          0.00300          0.04150  0.04450
  5:   A2LD1          4.57975          5.02820  9.60795
  6:     A2M         60.37320         36.09715 96.47035

我有更多的列和行，这只是一个子集。这与我设置 key 的方式有关吗？

tables()
 NAME        NROW    MB COLS                                               KEY                                             
 [1,] dt     20,785  2  gene,TCGA_04_1348_01A,TCGA_04_1362_01A,genesum    gene

Answer 1

一些东西:

dt[, genesum:=lapply(.SD,sum), by=gene]和 dt[, genesum:=apply(dt[ ,-1],1, sum)]完全不同。

dt[, genesum:=lapply(.SD,sum), by=gene]循环 列 的.SD data.table 并将它们相加

dt[, genesum:=apply(dt[, -1], 1, sum)]在行上循环(即 apply(x, 1, function) 将 function 应用于 x

中的每一行

我想你可以通过调用rowSums得到你想要的。 ，像这样:

dt[, genesum := rowSums(dt[, -1])]

这就是你所追求的吗？