r - 使用 ggplot 和 base plot 函数获得不同的结果

Question

我这里有一张 table :http://ulozto.cz/xAeP3Ahn/res2-txt .我试图从中制作一个点图。

我读了我的表:

res2<-read.table("res2.txt", header = TRUE, sep="\t")

并创建 2 个图。

(1) 这是单绘图函数的脚本:

plot(res2$V2, res2$dist06, type = "n")
points(subset(res2$V2, year == 2006), subset(res2$dist06, year == 2006), pch = 19, col   = "red", cex = 1)
points(subset(res2$V2, year == 2007), subset(res2$dist06, year == 2007), pch = 19, col = "green", cex = 1)
points(subset(res2$V2, year == 2008), subset(res2$dist06, year == 2008), pch = 19, col = "black", cex = 1)
points(subset(res2$V2, year == 2009), subset(res2$dist06, year == 2009), pch = 19, col = "blue", cex = 1)
points(subset(res2$V2, year == 2011), subset(res2$dist06, year == 2011), pch = 19, col = "yellow", cex = 1)
legend("topright", c("2006", "2007", "2008", "2009", "2011"),
   col= c("red", "green", "black", "blue", "yellow"),
   pch = c(19,19,19,19,19))

(2) 和 ggplot2:

res2$year<-as.factor(res2$year)  # consider year variable as discrete
ggplot(data=res2, aes(x=V2, y=dist06, color=year)) + geom_point(shape=16, pch=50) +
    xlab("threshold") + ylab("Euclidean distance") + 
    scale_fill_hue(name="year") + # set legend title 
    scale_colour_manual(values=c("red", "green", "black", "blue", "yellow")) +
    theme_bw() 

这是我的结果:



我的问题是， 为什么我在不同生成的图中有不同的点位置？ 问题只是在不同的颜色和图例中吗？那么“子集”定义错误吗？为什么 2006 在两者中都被标记为红色，但在图表中的位置不同？与2011年和其他人一样吗？我哪里错了？感谢您的每一个建议，第三天我在这里迷路了。

这是我从 excel 中得到的结果，所以来自 ggplot2 (2) 的情节必须是正确的

Answer 1

我想这是不正确使用 subset 的副作用。 .它的第一个参数应该是整个数据框，如下所示:

subset(res2, year == 2006)$V2

或者

subset(res2, year == 2006, select = V2)

(旁注:这些命令返回的对象不同，但都适用于您的情节)
我建议使用括号表示法:

res2$V2[res2$year == 2006]

无论哪种方式，你都会得到一个正确的情节:

您可能已经注意到，您不必使用 ggplot 进行大量复制/粘贴操作。方法。好的!