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我正在运行一个很长的 docker 命令
docker exec -t -i 9f5865473027 cloudgene run imputationserver@1.4.1 --files /illumina/runs/con/chrX_impute/ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz --refpanel apps@1000g-phase-3-v5@2.0.0 --conf /etc/hadoop/conf --population AFR --mode qconly --output /illumina/runs/con/chrX_impute
但这给出了一个错误
Error: Input Files (<a href="http://www.1000genomes.org/wiki/Analysis/Variant%20Call%20Format/vcf-variant-call-format-version-41" target="_blank">VCF</a>): file '/illumina/runs/con/chrX_impute/ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz' not found.
为什么 docker 找不到带有绝对路径(即使是相对路径)的文件?我怎样才能让 docker 找到这个文件?
docker exec -it 9f5865473027 ls /illumina/runs/con/chrX_impute/ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz
我仍然得到
ls: cannot access /illumina/runs/con/chrX_impute/ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz: No such file or directory
当我做
docker exec -it 9f5865473027 ls .
它似乎在
/
或绝对顶级目录,但使用此信息并输入不带
/
的文件名因此
docker exec -it 9f5865473027 ls illumina/runs/con/chrX_impute/ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz
Docker 仍然无法找到该文件 :(
ls
看到更高的目录但我所在的目录是
docker exec -it 9f5865473027 ls illumina/runs/con/chrX_impute
神秘地显示为空(不是)
最佳答案
解决这个问题的方法是将文件复制到容器中。每个“容器”似乎都像是一台单独的计算机。
我所要做的就是
docker cp ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz 9f5865473027:/illumina/runs/con/chrX_impute/
然后文件显示为
docker exec -it 9f5865473027 ls illumina/runs/con/chrX_impute
ALL.chrX.PAR2.phase3_v5.shapeit2_mvncall_integrated.noSingleton.genotypes.vcf.gz
关于Docker 无法找到文件,即使给出了正确的路径,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/63512504/
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我是一名优秀的程序员,十分优秀!