r - 在 csv 文件中写入和加载表达式集

Question

在 R 中，可以编写一个生物导体 ExpressionSet使用 csv.write 转换成 csv 文件.例如，使用标准 bladderbatch data available as a bioconductor package以下代码将一个 csv 文件写入当前工作目录:

library("bladderbatch")
data("bladderdata")
write.csv(bladderEset, "bladderEset.csv")

是否有工具可以将生成的 csv 文件作为 ExpressionSet 读回 R 中？ ?

如果没有，是否有 ExpressionSet ↔ csv序列化器/反序列化器，既可以将 ExpressionSets 输出为 csv 文件，也可以将 csv 文件读取为 ExpressionSets？

我问的原因是因为我需要使用 python 和 java 代码与 ExpressionsSets 交互，并且我可以轻松地使用“csv”文件，但不能使用“.rda”、“.CEL”或其他二进制文件。

Answer 1

如果您只想使用 R 和 python 与数据交互，请考虑将 ExpressionSet 保存为羽毛对象。

https://github.com/wesm/feather