python - 在 Ubuntu 14.04.02 上使用 pip 安装 Fuel(机器学习)

Question

安装 Fuel machine learning 时库，我遇到了一些依赖问题:

alvas@ubi:~$ pip install --upgrade git+git://github.com/mila-udem/fuel.gitYou are using pip version 7.1.0, however version 7.1.2 is available.
You should consider upgrading via the 'pip install --upgrade pip' command.
Collecting git+git://github.com/mila-udem/fuel.git
  Cloning git://github.com/mila-udem/fuel.git to /tmp/pip-xUlqCT-build
/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pip/_vendor/requests/packages/urllib3/util/ssl_.py:90: InsecurePlatformWarning: A true SSLContext object is not available. This prevents urllib3 from configuring SSL appropriately and may cause certain SSL connections to fail. For more information, see https://urllib3.readthedocs.org/en/latest/security.html#insecureplatformwarning.
  InsecurePlatformWarning
Collecting numpy (from fuel==0.0.1)
Requirement already up-to-date: six in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages (from fuel==0.0.1)
Collecting picklable-itertools (from fuel==0.0.1)
  Downloading picklable-itertools-0.1.1.tar.gz
Collecting pyyaml (from fuel==0.0.1)
  Downloading PyYAML-3.11.tar.gz (248kB)
    100% |████████████████████████████████| 249kB 612kB/s 
Collecting h5py (from fuel==0.0.1)
  Downloading h5py-2.5.0.tar.gz (684kB)
    100% |████████████████████████████████| 688kB 398kB/s 
Collecting tables (from fuel==0.0.1)
  Downloading tables-3.2.2.tar.gz (7.0MB)
    100% |████████████████████████████████| 7.0MB 73kB/s 
    Complete output from command python setup.py egg_info:
    /usr/bin/ld: cannot find -lhdf5
    collect2: error: ld returned 1 exit status
    * Using Python 2.7.6 (default, Jun 22 2015, 17:58:13)
    * USE_PKGCONFIG: True
    .. ERROR:: Could not find a local HDF5 installation.
       You may need to explicitly state where your local HDF5 headers and
       library can be found by setting the ``HDF5_DIR`` environment
       variable or by using the ``--hdf5`` command-line option.

    ----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-wMS1d3/tables

然后在我完成之后( Installing h5py on an Ubuntu server ):

sudo apt-get install libhdf5-dev
sudo HDF5_DIR=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/ pip install h5py

然后我还必须更新我的cython:

sudo pip install cython

我的问题不是关于如何解决安装问题，而是 这个命令是什么意思？

sudo HDF5_DIR=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/ pip install h5py

指定 HDF5_DIR 有什么作用？

为什么燃料依赖项没有自动从 安装？ :

https://github.com/mila-udem/fuel/blob/master/requirements.txt

https://github.com/mila-udem/fuel/blob/master/setup.py

我应该怎么做才能从 fuel 更新 setup.py以便它可以自动 pip 安装依赖项？

Answer 1

您无需对 中的 setup.py 进行任何修改燃料 .只需确保在更新库之前正确设置了 HDF5_DIR。

说明:

如果您查看您的错误日志，您会发现它在安装 时失败了。 h5py python lib，它是 的依赖项燃料 .最后也告诉你为什么失败了，基本上是因为 h5py 使用 C 库 hdf5，它需要这个库的头文件才能使用它。
所以sudo apt-get install libhdf5-dev您执行的是安装此 C 库的开发版本(您可以通过 -dev 猜测)。开发版本安装 lib 的头文件，而不仅仅是编译的 lib。
然后，需要 HDF5_DIR 环境变量来告诉 h5py 设置在哪里可以找到这些 header 。

因此，如果您下次要更新燃料库，请确保 HDF5_DIR 设置正确，然后它将更新其依赖项(包括 h5py)。