由于软件包安装，从 UBUNTU 运行 R 脚本失败

Question

我正在尝试从 Ubuntu 运行 R 脚本。 R 脚本使用 vcfR 库:

install.packages("vcfR")
library("vcfR")

vcf.rout<-"/mnt/c/Users/PC/Documents/aDNA/haplotypes.vcf"
vcf<-read.vcfR(vcf.rout)

当我在 R 中运行脚本时，它可以完美运行，
但是当我在 Ubuntu 中运行脚本时，我得到了这个错误:

batelziv@DESKTOP-PGCKNUM:~$ Rscript /mnt/c/Users/PC/Documents/aDNA/Rs/unt1.R <br />
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’<br />
(as ‘lib’ is unspecified)<br />
Warning in install.packages("vcfR") :<br />
'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable<br />
Error in install.packages("vcfR") : unable to install packages<br />
Execution halted

我还尝试在没有库相关行的情况下运行脚本:

library("vcfR")

vcf.rout<-"/mnt/c/Users/PC/Documents/aDNA/haplotypes.vcf"
vcf<-read.vcfR(vcf.rout)

我得到:

    Error in library("vcfR") : there is no package called ‘vcfR’
    Execution halted

为什么 Ubuntu 不能使用已经安装的软件包？
为什么安装时遇到问题？

Answer 1

你有一个错误

'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable

您无权将包写入此路径。
我觉得安装的时候可以添加选项 lib使用其他路径或检查您是否无法写入它。 install.packages(pkgs, lib = ...)