python - 如何在 for 循环中为不同的样本运行创建的 python 程序？

Question

我有一个 python 程序，旨在获取 inputfile (containing data for multiple samples) .多个样本的数据分别存储，因此可以通过提交 sample name as --s 访问

$python2.7 calc_something.py --i inputfile.txt --s sample01  --p1 parameters --p2  para2 --o output_sample01

我想通过提供示例名称在 for 循环中为每个示例运行此操作。就像是:

samples = ['sample01', 'sample02', 'sample03'...]
# creates a list of samples I want to input

# then  I want to do:
for x in samples:
    python2.7 calc_something.py --i inputfile.txt --s x  --p1 parameters --p2  para2 --o 'output_'+x

我如何在 bash 与 python 中做到这一点？哪一个是有效的？

Answer 1

这很简单:

for item in  sample01 sample02 sample03 ... 
do
    python2.7 calc_something.py --i inputfile.txt --s "$item"  --p1 parameters --p2  para2 --o "output_${item}"
done