r - 为什么 R 提示我并在 `update.packages()` 上失败？

Question

我是 R 新手，我自己在 Ubuntu 14.04.3 (x64) 上编译了它。请注意，我是最新的 R 源:

blong@work:~/Documents/Work/REPOS__svn/R/R-3-2-branch$ svn info |head -n 7
Path: .
Working Copy Root Path: /home/blong/Documents/Work/REPOS__svn/R/R-3-2-branch
URL: https://svn.r-project.org/R/branches/R-3-2-branch
Relative URL: ^/branches/R-3-2-branch
Repository Root: https://svn.r-project.org/R
Repository UUID: 00db46b3-68df-0310-9c12-caf00c1e9a41
Revision: 69384
blong@work:~/Documents/Work/REPOS__svn/R/R-3-2-branch$ svn status -u
Status against revision:  69392

运行 configure和 make R 的 3.2.2 分支已成功完成，我可以在 R session 中使用各种包。但是，我想检查我的所有库是否都是最新的。在 R 3.2.2 中，我正在调用 update.packages() .调用该函数时，系统会提示我选择一个 CRAN 镜像:



假设一切正常并且这不是问题，我从对话框中选择主镜像(“ O-Cloud [https]”)。对话框关闭，我返回到我的 R 提示符，并显示一条重复的消息“ unsupported URL scheme”。

同时，我在调用 update.packages() 时在我的 R session 中收到一个错误。 :

> getOption("repos")
    CRAN 
"@CRAN@" 
> update.packages()
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Error in download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) : 
  unsupported URL scheme
Warning: unable to access index for repository https://cran.rstudio.com/src/contrib:
  unsupported URL scheme
> 

考虑到这可能是 HTTPS 的问题，我尝试使用非 SSL 镜像，但同样没有任何 react (也许没有更新，但我想要一条消息告诉我这一点)。但是，这一次我在对话框关闭后没有收到第二条“不支持的 URL 方案”消息:

> update.packages()
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Error in download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) : 
  unsupported URL scheme
> 

看起来，在底层，R 使用了一个名为 RCurl 的库来完成它的一些 HTTP/S 交互。据我所知，我正在使用受支持的 curl/libcurl 版本:

blong@work:~$ curl --version
curl 7.35.0 (x86_64-pc-linux-gnu) libcurl/7.35.0 OpenSSL/1.0.1f zlib/1.2.8 libidn/1.28 librtmp/2.3
Protocols: dict file ftp ftps gopher http https imap imaps ldap ldaps pop3 pop3s rtmp rtsp smtp smtps telnet tftp 
Features: AsynchDNS GSS-Negotiate IDN IPv6 Largefile NTLM NTLM_WB SSL libz TLS-SRP 

对此有什么想法吗？好像和这个 mailing list discussion 类似，但我不确定这是一个问题还是我做错了什么。

Answer 1

好吧，我不觉得很傻。我不是来自非常强大的 C/C++ 背景。所以make除了遵循指南等之外，我并没有真正在我的驾驶室里。

我正在和一位同事一起研究这个，我们讨论了我在我的机器上配置 R 所采取的步骤。实际上我这样做了:

svn checkout https://svn.r-project.org/R/branches/R-3-2-branch ~/R-3-2-branch
mkdir ~/R-3-2-branch.build
cd ~/R-3-2-branch.build
../R-3-2-branch/configure # Returns successfully
make

一切就绪，对吧？ :) 我必须是，因为我可以使用 ~/R-3-2-branch.build/bin/R并且该 R session 中的所有内容(除了提示此问题的上述错误)似乎都可以正常工作。我已经从 CRAN、Bioconductor 和 GitHub 安装了各种各样的东西；所以很明显，问题一定是别的。

哦，另外，我很确定所有依赖项都是正确可用的(就平台依赖项而言)，因为我这样做了:

blong@work:~$ sudo apt-get build-dep r-base

嗯，是的，那是别的东西!我忘了跑 sudo make install !

我承认，我不完全确定我执行了哪个命令 configure , apt-get build-dep r-base , 和 make但是，忘记了 sudo make install似乎是罪魁祸首。

这一次，我做了完整的序列:

blong@work:~$ cd ~/R-3-2-branch.build
blong@work:~$ ../R-3-2-branch/configure
blong@work:~$ make
blong@work:~$ sudo make install

一切似乎都在 R 中愉快地运行:

> update.packages()
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
> 

(出现提示时，我选择了 O-Cloud [https] 镜像)

感谢大家的帮助!