autoconf - 为 r 包写入 `configure` 文件

Question

我正在编写一个 r 包，它为 libSBML 提供了一个包装器。中号library .

我正在使用 rcppgsl package作为引用，它查找头文件和 GNU 科学库 GSL 的库文件的位置并使用该信息编写 configure脚本和 Makevars和 Makevars.in .我目前不是为 Windows 构建的。在我的机器 (macOS) 上，libsbml (SBML C 库)安装在通常的位置，即

头文件位于 - /usr/local/include/sbml
和库文件 - /usr/local/lib .确实，如果在我的包裹里 Makevars我使用以下文件，我可以构建我的 package .

CXX=clang++
PKG_CPPFLAGS= -I/usr/local/include
PKG_LIBS= $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) /usr/local/lib/libsbml-static.a

但是，我想学习如何使用 configure脚本来查找库并使用该信息来构建包。 configure.ac 的相关部分来自 rcppgsl是

## Check for non-standard programs: gsl-config(1)
AC_PATH_PROG([GSL_CONFIG], [gsl-config])
## If gsl-config was found, let's use it
if test "${GSL_CONFIG}" != ""; then
    # Use gsl-config for header and linker arguments
    GSL_CFLAGS=`${GSL_CONFIG} --cflags`
    GSL_LIBS=`${GSL_CONFIG} --libs`
else
    AC_MSG_ERROR([gsl-config not found, is GSL installed?])
fi

我替换了 GSL_CONFIG与 LIB_SBML在相关的地方，即整个 configure.ac我正在使用的文件粘贴在下面(最后)。

但是，我没有看到 configure , Makevars和 Makevars.in正在生成(我在 rcppgsl 中看到)。这里的任何帮助将不胜感激!

为了完成，输出 ls -l | grep sbml (在 usr/local/include 中)是

drwxrwxr-x   58 root      admin    1856 Aug  1  2016 sbml

和 ls -l | grep sbml (在 usr/local/lib 中)是

-rw-r--r--   1 root      wheel   7970584 Aug  2  2016 libsbml-static.a
-rwxr-xr-x   1 arcadmin  staff  10453624 Nov 25  2014 libsbml.5.11.0.dylib
-rwxr-xr-x   1 root      wheel   3813572 Aug  2  2016 libsbml.5.13.0.dylib
lrwxr-xr-x   1 root      wheel        20 Aug  1  2016 libsbml.5.dylib -> libsbml.5.13.0.dylib
-rw-r--r--   1 root      wheel  13907656 Feb 26  2015 libsbml.a
lrwxr-xr-x   1 arcadmin  staff        15 Mar 27  2015 libsbml.dylib -> libsbml.5.dylib
-rwxr-xr-x   1 root      wheel       828 Feb 26  2015 libsbml.la
-rwxrwxr-x   1 root      admin  13362732 Nov 25  2014 libsbmlj.jnilib

我的 configure.ac文件 -

## Process this file with autoconf to produce a configure script.
##
## Configure.ac for RcppSBML
##
## Copyright (C) 2010         Romain Francois and Dirk Eddelbuettel
## Copyright (C) 2014 - 2015  Dirk Eddelbuettel
##
## Licensed under GNU GPL 2 or later

# The version set here will propagate to other files from here
AC_INIT([Rcppsbml], 0.1.0)

# Checks for common programs using default macros
AC_PROG_CC

## Use gsl-config to find arguments for compiler and linker flags
##
## Check for non-standard programs: gsl-config(1)
AC_PATH_PROG([LIB_SBML], [libsbml])
## If gsl-config was found, let's use it
if test "${LIB_SBML}" != ""; then
    # Use gsl-config for header and linker arguments
    SBML_CFLAGS=`${LIB_SBML} --cflags`
    SBML_LIBS=`${LIB_SBML} --libs`
else
    AC_MSG_ERROR([libsbml not found, is SBML installed?])
fi

# Now substitute these variables in src/Makevars.in to create src/Makevars
AC_SUBST(LIB_SBML)
AC_SUBST(LIB_SBML)

AC_OUTPUT(src/Makevars)

Answer 1

这是一个最小的设置:

删除 src/Makevars并创建 src/Makevars.in有内容

PKG_CPPFLAGS= @SBML_INCLUDE@
PKG_LIBS= $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) @SBML_LIBS@

我没有设置 CXX因为您无法在 src/Makevars 中更改它, 引用 Package build ignores Makevars flags .

创建一个最小的 configure.ac文件:

AC_INIT([Rcppsbml], 0.1.0)

AC_LANG(C++)
AC_REQUIRE_CPP
AC_PROG_CXX

# default values
AC_SUBST([SMBL_INCLUDE], "-I/usr/local/include")
AC_SUBST([SMBL_LIBS], "/usr/local/lib/libsbml-static.a")

# allow for override
AC_ARG_WITH([smbl],
            AC_HELP_STRING([--with-smbl=PREFIX],
                           [path to where smbl is installed]),
            [
             SMBL_INCLUDE="-I${with_smbl}/include"
             SMBL_LIBS="${with_smbl}/lib/libsbml-static.a"
            ],
            [])

# create and report output
AC_CONFIG_FILES([src/Makevars])
AC_OUTPUT
echo
echo "Final src/Makevars"
cat src/Makevars

调用 autoconf创建 configure来自您的 configure.ac 的文件模板。您可能想使用 ./configure 检查脚本和 ./configure --with-smbl=/some/path .

称呼

R CMD build ...
R CMD check [--install-args=--configure-args=--with-smbl=/some/path] ...
R CMD INSTALL [--configure-args=--with-smbl=/some/path]...

构建、检查和安装包。

可能的扩展:

允许在静态和动态链接之间切换。

检查是否可以在指定位置找到处于可用状态的 SMBL。

我在这里看到三个问题:

configure的一代|来自 configure.ac不是自动的。您必须调用 autoconf .

同样，Makevars.in不是系统生成的。您必须将其作为模板提供，Makevars由 configure 生成.

GSL 随附 gsl-config ，其他库使用通用 pkg-config .如果您的库不支持此功能，您可以使用更传统的方式来使用默认位置或 --with-... 提供的位置。论据。例如 RcppArrayFire I use :

AC_SUBST([AF_INCLUDE], "")
AC_SUBST([AF_LIBS], "-laf")

AS_IF([test -e "${with_arrayfire}"],
        [
         AF_INCLUDE="-I${with_arrayfire}/include ${AF_INCLUDE}"
         AF_LIBS="-L${with_arrayfire}/lib ${AF_LIBS} -Wl,-rpath,${with_arrayfire}/lib"
        ])

如果目录提供为 --with-arrayfire=/relevant/path ，然后在适当的子目录中搜索头文件和动态库。