r - Ubuntu 升级后在 R 应用程序中检测到堆栈粉碎

Question

昨晚我将我的电脑升级到了 Ubuntu 16.04。今天我无法在 Jupyter 中创建 R 笔记本。以前我可以在 Jupyter 的 R 中工作。

我修复的第一个错误是 R 的 zmq 库的某种问题。内核一直在停止:

[I 14:41:28.584 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5)
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rzmq/libs/rzmq.so':
  libzmq.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
Execution halted

我下载并安装了 rzmq，这个问题就消失了。

现在我看到了这个错误:

[I 14:55:40.860 NotebookApp] Kernel started: 98fbc635-6ba4-4e99-88aa-85e49c6e8e8b
*** stack smashing detected ***: /usr/lib/R/bin/exec/R terminated
[I 14:55:43.860 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5)
[W 14:55:50.897 NotebookApp] Timeout waiting for kernel_info reply from 98fbc635-6ba4-4e99-88aa-85e49c6e8e8b
*** stack smashing detected ***: /usr/lib/R/bin/exec/R terminated

R 可执行文件中是否存在某种损坏？我尝试重新安装 R:

sudo apt-get install --reinstall r-base r-base-dev

虽然没有改变任何事情。

当我从命令行运行 R 时，它工作正常，但后来我注意到:

jim@main:~/Projects/learning/introduction_to_statistical_learning$ which R
/usr/bin/R

这是与 jupyter 正在使用的可执行文件不同的路径。

请注意，jupyter 正在运行我的 anaconda 安装，并且我是 R 新手。

我怎样才能让它再次工作？

编辑:

我找到了这个:

https://github.com/conda/conda-recipes/issues/558

这表明 conda 和 gcc 存在一些已知问题。目前尚不清楚如何解决这个问题。

Answer 1

我刚刚通过创建 Anaconda R 环境并将 Jupyter R 内核指向 Anaconda 的可执行文件来使其工作。这是一个全面的工作，但比以前更干净，因为我宁愿使用 Anaconda 环境。

https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r