r - .Rprofile 未在 cron 下调用

Question

我在云上运行 Ubuntu 16.04.3 LTS。当我使用 Rscript 从命令行运行程序时，一切都按预期进行。但是，当我通过 cron 使用 Rscript 运行相同的程序时，似乎没有调用我的 .Rprofile 文件。我写了一个小程序来演示这个问题:

test_cron = function() {
    #The next 3 lines are base R.
    sink('~/test_cron.out')
    on.exit(sink())
    cat('The date and time are:', as.character(Sys.time()), '\n')
    #Now try to access a personal option, set by .Rprofile.
    root = getOption('root')
    cat('Option root:', root, '\n')
}
test_cron()

我使用以下命令从命令行运行它:

Rscript test_cron.r

cron_test.out 文件包含以下内容:

The date and time are: 2017-11-14 06:15:46
Option root: /home/ubuntu/_algi/

crontab 中的相关行如下:

20 6 * * * /usr/bin/Rscript ~/test_cron.r

当它由 cron 运行时，cron_test.out 包含以下内容:

The date and time are: 2017-11-14 06:20:01
Option root:

显然，该程序在由 cron 运行时无法访问我的个人选项“root”。这是我运行的许多实验之一，这些实验让我相信 .Rprofile 不会在 cron 下调用。有解决办法吗？

注意: R_PROFILE_USER 环境变量设置为指向我的 .Rprofile 文件。显然，cron 下的 Rscript 忽略了它。

Answer 1

默认情况下，R 按特定顺序在三个位置查找并运行 .Rprofile 文件，这些位置是:

R_HOME:安装R的目录

HOME:用户的主目录

R的当前工作目录

当前项目/wd 中的 .Rprofile 将覆盖 HOME 中的 .Rprofile 并且 HOME 中的 R_HOME 和 .Rprofile 将覆盖 R_HOME。

因此，要创建特定于项目的启动脚本，只需在项目的根目录中创建一个 .Rprofile 文件。

在您的情况下，当脚本由 cron 启动时，R 使用不同的 .Rprofile 文件，而不是从命令行启动脚本。