R install.packages() 不适用于 ubuntu vagrant vm

Question

我正在尝试在 R 中安装包，但下载后，加载包库将无法正常工作——在运行 require("<package_name>") 时或 library("<package_name>")我得到错误:

Error in library("package_name") : there is no package called ‘package_name’

我在 Ubuntu 14.04.1 上运行 R 3.0.2，它安装在 os x mavericks 内部运行的 vagrant 虚拟机中。

我已经尝试重新安装所有东西(R、Ubuntu、 sudo apt-get --reinstall install r-base-dev)。我曾尝试以 root 身份运行 R，但均无济于事。

我发现了这个问题的另外两个帐户:

Ubuntu 12.04 R install.packages() does not work. No warning, no install

install.packages() Rstudio server AWS ubuntu error

并尝试了建议的解决方案，但没有一个对我有用。

关于我的安装过程的更多背景知识；这是我用来在 ubuntu 中安装 R 的命令序列:

    sudo apt-get update
    echo "deb http://http://ftp.osuosl.org/pub/cran/bin/linux/ubuntu trusty/" >> ./sources.list.appendme
    sudo cat /etc/apt/sources.list ./sources.list.appendme  > ./sources.list.tmp
    sudo mv ./sources.list.tmp /etc/apt/sources.list
    rm ./sources.list.appendme
    sudo apt-get install r-base
    sudo apt-get install r-base-dev
    sudo apt-get --reinstall install r-base-dev

这遵循此处的说明: http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README用于在 Ubuntu 中安装 R。

以下是我用来制作虚拟机的安装步骤:

> vagrant box add july24
> https://cloud-images.ubuntu.com/vagrant/trusty/current/trusty-server-cloudimg-i386-vagrant-disk1.box
> vagrant init july24 vagrant up

这是我在我的 OS X R 安装和我的 Ubunutu R 安装中运行包安装得到的输出的比较。有趣的是，Ubunutu 尝试下载的包大小通常要小得多(OS X 的 R 为 47KB 和 26KB，而 Ubuntu R 为 14KB 和 0.9257KB)。不确定这是否是 R 版本(OS X/Ubunutu 中的 3.0.3/3.0.2)之间的差异，或者是因为不同操作系统的不同要求。

在 OS X 中正确、无错误地安装包:

install.packages("dataview",repos="http://cran.cs.wwu.edu")

还安装依赖项“xtermStyle”

尝试网址
' http://cran.cs.wwu.edu/bin/macosx/contrib/3.0/xtermStyle_2.2-4.tgz '
内容类型 'application/x-gzip' 长度 49060 字节 (47 Kb) 打开
网址
====================================================已下载 47 KB

尝试网址
' http://cran.cs.wwu.edu/bin/macosx/contrib/3.0/dataview_2.0-9.tgz '
内容类型 'application/x-gzip' 长度 27032 字节 (26 Kb) 打开
网址
====================================================已下载 26 KB

下载的二进制包在
/var/folders/sy/w_z0czvs2nqd2ys0vf_827zc0000gn/T//RtmpOlT9rM/downloaded_pa​​ckages

library('dataview')

加载所需的包:xtermStyle

在 Ubuntu 中安装时出现错误:

install.packages("dataview",repos="http://cran.cs.wwu.edu")

将软件包安装到“/home/vagrant/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0”(因为“lib”是
未指定)还安装依赖项“xtermStyle”

尝试网址
' http://cran.cs.wwu.edu/src/contrib/xtermStyle_2.2-4.tar.gz ' 内容
输入 'application/x-gzip' 长度 15265 字节 (14 Kb) 打开 URL
====================================================已下载 14 KB

正在尝试 URL ' http://cran.cs.wwu.edu/src/contrib/dataview_2.0-9.tar.gz '
内容类型 'application/x-gzip' 长度 9257 字节 打开 URL
====================================================下载了 9257 字节

下载的源码包在
'/tmp/RtmppaTkT7/downloaded_pa​​ckages'

library('dataview')

库中的错误(“dataview”):没有名为“dataview”的包

library('dataview',lib.loc='/home/vagrant/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0')

库中的错误(“dataview”，lib.loc =“/home/vagrant/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0”):
没有名为“dataview”的包

也许我缺少一些东西？非常感谢您的帮助或建议。

Answer 1

好的，所以我遇到了同样的问题...确保为 VM 分配了足够的内存。 Vagrant 的默认 VM 内存是 512m ......将其增加到 2048m 并且一切都应该可以正常工作......

我在我的 Vagrant 文件中使用它来增加内存:

  config.vm.provider "virtualbox" do |vb|
    # Use VBoxManage to customize the VM. For example to change memory:
    vb.customize ["modifyvm", :id, "--memory", "2048"]
  end