r - 在 Ubuntu AMI 上为 R 安装 XGBoost GPU

Question

我在 AWS deeplearning Ubuntu AMI 上尝试使用此处的说明安装 XGboost GPU 版本 R 包:http://xgboost.readthedocs.io/en/latest/build.html#building-with-gpu-support

我已经克隆了 repo，创建了一个新的构建目录然后执行:

cmake .. -DUSE_CUDA=ON -DR_LIB=ON

错误:

/usr/lib/R/bin/exec/R: symbol lookup error: /usr/lib/libblas.so.3: undefined symbol: gotoblas
/usr/lib/R/bin/exec/R: symbol lookup error: /usr/lib/libblas.so.3: undefined symbol: gotoblas
/usr/lib/R/bin/exec/R: symbol lookup error: /usr/lib/libblas.so.3: undefined symbol: gotoblas
CMake Error at /usr/share/cmake-3.5/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:148 (message):
  Could NOT find LibR (missing: LIBR_HOME LIBR_INCLUDE_DIRS LIBR_LIB_DIR)
Call Stack (most recent call first):
  /usr/share/cmake-3.5/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:388 (_FPHSA_FAILURE_MESSAGE)
  cmake/modules/FindLibR.cmake:173 (find_package_handle_standard_args)
  CMakeLists.txt:165 (find_package)

我相信这是由于 libblas.so.3 文件位于/home/ubuntu/src/OpenBLAS 而不是更标准的位置。只需要一点点插入来弥补我对 linux env 变量知识的缺乏并将两者联系起来。谢谢!

Answer 1

您可以尝试创建从预期位置到共享库文件的实际位置或包含预期共享库文件的目录的符号链接(symbolic link)来解决该问题。