r - pheatmap聚类注释

Question

我正在尝试将基于 k-means 的聚类算法的结果显示为 pheatmap。为此，我使用此处建议的过程:R draw kmeans clustering with heatmap

现在的问题是，我想添加一个突出显示集群的配色方案，类似于 heatmap 和 heatmap.2 中的“RowSideColors”选项。至于pheatmap，我只找到了annotation选项，但它是按列工作的，而不是按行工作的。有没有办法在 pheatmap 中突出显示行簇？

我的另一个想法是将簇列添加为热图中的单独颜色。但是，我需要使用除热图其余部分之外的另一种配色方案，因此我不确定是否可能。

Answer 1

现在pheatmap中有一个annotation_row参数封装:

library(pheatmap)

# define a matrix
test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# annotate rows
annotation_row = data.frame(
GeneClass = factor(rep(c("Path1", "Path2", "Path3"), c(10, 4, 6))))
rownames(annotation_row) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# plot pheatmap
pheatmap(test, annotation_row = annotation_row)