r - 是否需要 facet_grid/wrap 按变量对箱线图进行分组，而不是用于填充/颜色？

Question

我进行了两次实验，其中一些复制了前一组的条件。我有一列用于唯一批处理 ID，另一列包含来自实验 1 的 ID，来自实验 2 的批处理复制了这些 ID。这是一些像这样存储的示例数据:

test <- data.frame(var1=c(rep("A",4), rep("B",4), rep("C",4), rep("D",4)),
                   var2=rep(c(rep("A",4), rep("B",4)),2),
                   value=runif(16,1,5))

这是我的ggplot代码:

ggplot(test, aes(x=var1, y=value, fill=var2)) + geom_boxplot()

这给了我根据 var1 排列的批处理 ID的因子顺序。



我想要 var2 中的 A并排和 B 来自 var2并排。使用 facet_grid 是唯一的方法或 facet_wrap ?

 ggplot(test, aes(x=var1, y=value, fill=var2)) + geom_boxplot() +
        facet_grid(. ~ var2, scales="free_x")

我尝试添加 group=var2但这给了我重叠且非常宽的箱线图，我也不明白:

ggplot(test, aes(x=var1, y=value, group=var2, fill=var2)) + geom_boxplot()
Warning message:
position_dodge requires non-overlapping x intervals

我可以使用刻面；我主要是在问这个问题，因为当我无法按预期分组时，我感到很惊讶。我还查看了 geom_bar() 的示例对于更多的分组方法，但似乎大多数人并没有这样分组。

随意提供有关如何解决此问题的其他意见。我只是想比较成对的测试结果，以便轻松查看复制是否与原始试验相匹配。

Answer 1

使用 interaction 的作弊方法并调整 scale_x_discrete标签

 ggplot(test, aes(x=interaction(var1,var2), y=value, fill=var2)) + 
  geom_boxplot() +
  scale_x_discrete(name = 'var1',breaks = c('A.A','C.A','B.B','D.B'), 
                   labels = c('A','C','B','D')) 

编辑 感谢@Andrie 的评论

或者您可以创建一个适当排序的因子 或(无序的)因子，具有以正确顺序指定的水平 .

ggplot2 尊重因子水平的顺序(无论是否在 ordered 因子中)。

默认情况下，R 将按字典顺序对级别进行排序，因此对于任何其他顺序，您需要指定它。

.

library(plyr) # for arrange 
var1_order <- unique(as.character(arrange(test,var2)[['var1']]))

test$var1_order <- ordered(test$var1, levels = var1_order)
## or
test$var1_order_2 <- factor(test$var1, levels = var1_order)
## so that 
ggplot(test, aes(x=var1_order_2, y=value, fill=var2)) + 
 geom_boxplot() + 
 xlab('var1')
## or 
ggplot(test, aes(x=var1_order, y=value, fill=var2)) + 
 geom_boxplot() + 
 xlab('var1')

两者都会给出相同的结果

编辑——另一种方法

您可以将 x 轴设为 var2并填写 var1 ，将按 var2 订购然后闪避和填充 var1

  ggplot(test, aes(x=var2,y=value)) + 
   geom_boxplot(aes(fill = var1))