给定多个输入的R ggplot直方图

Question

我在 R 中偶然发现了一个问题，我希望有人能弄清楚它发生的原因以及如何解决它。我对 R 的使用没有很好的审查，有时我会感到困惑，因为一行代码通常可以比许多其他语言做更多的事情。问题似乎是程序在第一次之后没有正确地获取文件输入。如果我输入一个文件，直方图会以我期望的方式出现。但不幸的是，当输入多个文件时，它会将它们组合在一起并将它们放在第一个文件旁边。我宁愿每个输入文件都有自己独立的直方图。很抱歉这篇长文，但我试图提供尽可能多的信息以使我的代码可重现(我似乎不擅长重现代码)。

代码是这样的:

library("tcltk")
#choose any number of files
File.names<-(tk_choose.files(default="", caption="Choose your files", multi=TRUE, filters=NULL, index=1))
Num.Files<-NROW(File.names)
#read the tables
dat <- lapply(File.names,read.table,header = TRUE)
names(dat) <- paste("f", 1:length(Num.Files), sep="")
#use the 14th columns data
tmp <- stack(lapply(dat,function(x) x[,14]))
#this is where the histogram is made(with percent shown on the y axis)
require(ggplot2)
ggplot(tmp,aes(x = values)) + 
    facet_wrap(~ind) +
    geom_histogram(aes(y=..count../sum(..count..)))
dput(tmp)
dput(dat)
sessionInfo()

以下是用户可以选择的文件示例:

Targ  cov  av_cov  87A_cvg  87Ag  87Agr  87Agr  87A_gra  87A%_1   87A%_3   87A%_5   87A%_10  87A%_20  87A%_30 87A%_40   87A%_50 87A%_75 87A%_100
1:028 400   0.42    400 0.42    1   1   2   41.8    0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
1:296 400   0.42    400 0.42    1   1   2   41.8    0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
1:453 1646  8.11    1646    8.11    7   8   13  100.0   100.0   87.2    32.0    0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
1:427 1646  8.11    1646    8.11    7   8   13  100.0   100.0   87.2    32.0    0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
1:736 5105  29.68   5105    29.68   14  29  48  100.0   100.0   100.0   86.0    65.7    49.4    35.5    16.9    0.0 0.0
1:514 5105  29.68   5105    29.68   14  29  48  100.0   100.0   100.0   86.0    65.7    49.4    35.5    16.9    0.0 0.0
1:296 5105  29.68   5105    29.68   14  29  48  100.0   100.0   100.0   86.0    65.7    49.4    35.5    16.9    0.0 0.0
1:534 400   0.42    400 0.42    1   1   2   41.8    0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0

还有一个:

Targ  cov  av_cov  87A_cvg  87Ag  87Agr  87Agr  87A_gra  87A%_1   87A%_3   87A%_5   87A%_10  87A%_20  87A%_30 87A%_40   87A%_50 87A%_75 87A%_100
    1:028 400   0.42    400 0.42    1   1   2   41.8    0.0 1.0 0.0 20.0    0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
    1:296 400   0.42    400 0.42    1   1   2   41.8    0.0 20.0    0.0 40.0    0.0 100.0   10.0    50.0    4.0
    1:453 1646  8.11    1646    8.11    7   8   13  100.0   100.0   87.2    32.0    0.0 100.0   4.0 60.0    30.0    20.0
    1:427 1646  8.11    1646    8.11    7   8   13  100.0   100.0   87.2    32.0    0.0 80.0    40.0    60.0    80.0    90.0
    1:736 5105  29.68   5105    29.68   14  29  48  100.0   100.0   100.0   86.0    65.7    49.4    35.5    16.9    30.0    20.0
    1:514 5105  29.68   5105    29.68   14  29  48  100.0   100.0   100.0   86.0    65.7    49.4    35.5    16.9    20.0    30.0
    1:296 5105  29.68   5105    29.68   14  29  48  100.0   100.0   100.0   86.0    65.7    49.4    35.5    16.9    20.0    30.0
    1:534 400   0.42    400 0.42    1   1   2   41.8    0.0 40.0    30.0    80.0    70.0    40.0    30.0    30.0    10.0

该代码适用于一个文件(这些直方图是由不同的输入文件制作的，但你得到了图片)但不同意多个文件(无论数量如何):
一:


这就是我希望所有直方图的外观，每个输入文件一个。可惜...
多个文件:

> dput(tmp)
structure(list(values = c(0, 0, 0, 0, 49.4, 49.4, 49.4, 0), ind = structure(c(1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = "f1", class = "factor")), .Names = c("values", 
"ind"), row.names = c(NA, -8L), class = "data.frame")
> dput(dat)
structure(list(f1 = structure(list(Targ = structure(c(1L, 2L, 
4L, 3L, 7L, 5L, 2L, 6L), .Label = c("1:028", "1:296", "1:427", 
"1:453", "1:514", "1:534", "1:736"), class = "factor"), cov = c(400L, 
400L, 1646L, 1646L, 5105L, 5105L, 5105L, 400L), av_cov = c(0.42, 
0.42, 8.11, 8.11, 29.68, 29.68, 29.68, 0.42), "X87A_cvg", "X87Ag", "X87Agr", "X87Agr.1", "X87A_gra", "X87A._1", "X87A._3", "X87A._5", "X87A._10", "X87A._20", "X87A._30", "X87A._40", 
"X87A._50", "X87A._75", "X87A._100"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-8L))), .Names = "f1")
> sessionInfo()
R version 2.14.1 (2011-12-22)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
    locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
    attached base packages:
[1] tcltk     stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     
    other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.1
    loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.1-1   dichromat_1.2-4    digest_0.5.2       grid_2.14.1       
 [5] labeling_0.1       MASS_7.3-17        memoise_0.1        munsell_0.3       
 [9] plyr_1.7.1         proto_0.3-9.2      RColorBrewer_1.0-5 reshape2_1.2.1    
[13] scales_0.2.1       stringr_0.6 

有没有办法让每个直方图分开，并且能够独立存在？
提前致谢
斯蒂芬

Answer 1

鉴于您的 dat正在返回 dat 的损坏数据帧在我的系统上，这是一种使用带有虚拟数据的基本 R 的更简单方法。

## fake a list of data frames, here, 4, each with two columns
dat <- list(file1 = data.frame(X = runif(20), Y = rnorm(20)),
            file2 = data.frame(X = runif(20), Y = runif(20)),
            file3 = data.frame(X = runif(20),
                               Y = rnorm(20) + rnorm(20, mean = 2, sd = 2)),
            file4 = data.frame(X = runif(20), Y = rnorm(20, mean = 4)))

## extract the second column from each
## (this is the same as your code extracting the 14 column)
tmp <- lapply(dat, `[[`, 2)

现在看看我们有什么:

R> str(tmp)
List of 4
 $ file1: num [1:20] -1.0225 -0.0302 -0.0987 1.977 0.2579 ...
 $ file2: num [1:20] 0.84583 0.49525 0.12287 0.43929 0.00132 ...
 $ file3: num [1:20] 2.03 5.27 1.57 2.72 1.12 ...
 $ file4: num [1:20] 4.54 4.08 4.28 4.48 6.36 ...

所以尝试绘制 tmp 的第一个分量:

hist(tmp[[1]])

好的，这样就可以了。现在我们知道我们可以绘制所有组件。以下是几种方法:

layout(matrix(1:4, ncol = 2))
for(p in seq_along(tmp)) {
    hist(tmp[[p]])
}
layout(1)

或使用 lapply()为我们做循环

layout(matrix(1:4, ncol = 2))
lapply(tmp, function(x) {hist(x); invisible()})
layout(1)

两者都生成如下内容:



显然，我们可以更好地定制绘图轴标签和标题，但我将其留给读者作为练习。