R Markdown 找不到文件但执行 block 有效

Question

我在 r markdown 和读取 txt 文件时有一个奇怪的行为......只在 Windows 7 机器上。在我的 Mac 上没有问题，还没有在 Windows 8 上检查过。

我有一个基本的 r markdown 文档

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title: "Untitled"
output: html_document
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```{r global_options, message=FALSE}
setwd('E:/Falk')
list.files(pattern='test')
```

```{r global variable settings, eval=TRUE}
pg_filename <- 'test.txt' 
pg <- read.delim (pg_filename)
```

如果我在最后一个 block 中设置 eval=FALSE，则会创建 html 并使用我的 test.txt 文件获取列表。如果我设置 eval=TRUE，我会收到一条错误消息，指出找不到该文件:

Quitting from lines 11-13 (Preview-2b2464944991.Rmd) 
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
Calls: <Anonymous> ... withVisible -> eval -> eval -> read.delim -> read.table -> file

Execution halted

如果我将所有内容都放在一个 block 中，则会创建 html。

有人知道问题出在哪里吗？

编辑:也许我不够清楚。我知道 eval=TRUE 和 FALSE 之间的区别，但我不知道在 markdown 中测试某些东西的方法，如果有错误消息，但在 block 中一切正常。

所以，为了更清楚:

作品:

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title: "Untitled"
output: html_document
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```{r}
setwd('E:/Falk')
list.files(pattern='test')
pg_filename <- 'test.txt' 
pg <- read.delim (pg_filename)
```

不起作用:

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title: "Untitled"
output: html_document
---
```{r}
setwd('E:/Falk')
list.files(pattern='test')
```

```{r}
pg_filename <- 'test.txt' 
pg <- read.delim (pg_filename)
```

Answer 1

You cannot use setwd in knitr, and you shouldn’t use it in your R code anyway.您需要专门使用相对路径。

特别是，setwd 在其当前 block 之外没有任何影响——其他 block 将在文档的路径中进行评估，而不是在设置的路径中。

一般来说，setwd 应该只被用户在交互式 session 中使用，或者在你的项目配置文件(本地 .Rprofile 文件)中设置项目目录。 It has no place in scripts.

setwd 最直接的等价物是使用 knitr 选项 root.dir:

opts_knit$set(root.dir = 'some/dir')