r - 将 GENCODE ID 转换为 Ensembl - Ranged SummarizedExperiment

Question

我有一个表达式集矩阵，行名是我认为格式的 GENCODE ID
“ENSG00000000003.14”
“ENSG00000000457.13”
“ENSG00000000005.5”等。
我想将这些转换为gene_symbol，但我不确定这样做的最佳方法，特别是因为我认为是“.14”或“.13”版本。我应该先修剪点之后的所有 ID，然后使用 biomaRt 进行转换吗？如果是这样，最有效的方法是什么？有没有更好的方法来获取gene_symbol？

非常感谢您的帮助

Answer 1

如前所述，这些是 ENSEMBL ID。首先，您需要做的是检查您的表达式集对象并确定它用于注释的数据库。有时，ID 可能映射到较新(更新)的注释数据库中的不同基因符号。

无论如何，期望ID属于人类，您可以使用此代码非常轻松地获取基因符号。

library(org.Hs.eg.db)       ## Annotation DB
library(AnnotationDbi)

ids <- c("ENSG00000000003", "ENSG00000000457","ENSG00000000005")
gene_symbol <- select(org.Hs.eg.db,keys = ids,columns = "SYMBOL",keytype = "ENSEMBL")

您可以尝试使用 org.Hs.eg.db 或您的表达式集使用的确切 db(如果该信息可用)。