r - Treeclim 中的错误消息

Question

我正在尝试使用包 treeclim 来分析我的年轮生长数据和气候。我在 CooRecorder 中测量了宽度，在 CDENDRO 中将它们分组为系列，然后使用 dplR read.rwl 函数将它们读入 R-Studio。但是，我不断收到错误消息阅读

"Error in dcc(Plot92.crn, Site92PRISM, selection = -6:9, method = "response", : Overlapping time span of chrono and climate records is smaller than number of parameters! Consider adapting the number of parameters to a maximum of 100."

我有 100 年的每月气候数据，如下所示:

# head(Site92PRISM)
  year month  ppt tmax tmin tmean vpdmin..hPa. vpdmax..hPa. site
1 1915    01 0.97 26.1 12.3  19.2         0.97         2.32   92
2 1915    02 1.20 31.5 16.2  23.9         1.03         3.30   92
3 1915    03 2.51 36.0 17.0  26.5         0.97         4.69   92
4 1915    04 3.45 48.9 26.3  37.6         1.14         8.13   92
5 1915    05 3.95 44.6 29.1  36.9         0.94         5.58   92
6 1915    06 6.64 51.0 31.5  41.3         1.04         7.93   92

我在 dplR 中制作的年表如下所示:

#head(Plot92.crn)
        CAMstd samp.depth
1840 0.7180693          1
1841 0.3175528          1
1842 0.5729651          1
1843 0.9785082          1
1844 0.7676334          1
1845 0.3633687          1

我哪里错了？这两个文件都包含 1915-2015 年的数据。

Answer 1

我在包的谷歌论坛(即 https://groups.google.com/forum/#!forum/treeclim )中向作者发布了类似的问题。

您需要确保参数的数量 (n_param) 小于或等于您的树木年代学数据的样本量。 “参数数量”是指气候变量矩阵中的总列数。

例如，在下面的分析中:

resp <- dcc(chrono = my_chrono,
            climate = list(precip, temp),
            boot = 'stationary')

您需要确保以下是TRUE:

length(unique(rownames(my_chrono))) >= (ncol(precip)-1) + (ncol(temp)-1)

ncol(precip)-1 而不是 ncol(precip) 因为矩阵的第一列是 YEAR。另请注意，在我的示例中，my_chrono 中的年份与 precip 和 temp 中的年份相同，但不一定是这种情况运行该函数(它将自动采用平年)。

最后，如果前一行代码给你FALSE，你可以像这样用参数selection减少参数的数量:

resp <- dcc(chrono = my_chrono,
            climate = list(precip, temp),
            selection = .range(6:12,'prec') + .range(6:12, 'temp'),
            var_names = c('prec', 'temp'),
            boot = 'stationary')

因为 dcc 函数会自动获取从前 6 月到当前 9 月的所有月份(即 .range(-6:9))，您可能需要缩小该范围.