r - 将 Rstudio 与 Docker 组合使用并将环境变量传递给 rstudio 用户

Question

我正在使用 docker-compose 创建一个 rstudio 服务，该服务将与其他服务(例如数据库)集成。我正在尝试将一些环境变量从 docker-compose.yml 文件传递​​给 rstudio。我需要 docker-compose 文件中的这些变量，因为它们会针对每个客户进行更改。我不能将它们包含在 Dockerfile 中，也不能将 .Rprofile 文件复制到 docker 镜像。

version: '2.4'
services:
  rstudio:
    environment:
      - USER=rstudio
      - PASSWORD=qwerty
      - MY_VAR=1
    image: "rocker/verse:latest"
    ports:
     - 8787:8787

我想使用 rstudio 用户从 R 环境访问 MY_VAR。

Answer 1

Rstudio 中可用的环境变量来自位于 $R_HOME/etc/Renviron 的 Renviron 文件。

根据 this thread运行 docker 时创建的环境变量不会自动添加到此 Renviron。因此，您需要自己将它们添加到文件末尾，以便它们在 Rstudio 中显示。

例如，您可以在 dockerfile 的末尾添加以下命令，将它们从主机上的文件复制到 docker。 (假设 $R_HOME=/usr/local/lib/R)

COPY my_file /usr/local/lib/R/etc/
RUN cat /usr/local/lib/R/etc/my_file >> /usr/local/lib/R/etc/Renviron

my_file 的内容是:

MY_VAR=1