r - 使用 `sourceCpp` 编译 `fastLm`

Question

我开始玩 Rcpp并想使用 fastLm作为一个例子(也因为它对潜在的后续工作很有用)。我知道fastLm是 RcppArmadillo 的一部分包，但我想使用 sourceCpp 编译它.代码可以在here中找到并且也在下面。
我遇到的第一个问题是我不能简单地运行sourceCpp("fastLm.cpp")在 R 中安装和加载后 Rcpp和 RcppArmadillo .我收到此错误 error: RcppArmadillo.h: No such file or directory然后是各种各样的事情，我想由此而来。

第二个问题是我认为我需要更改fastLm.cpp 中的一些内容。 .我的更改也在下面，但我确定缺少某些内容或错误。我包括了 #include <Rcpp.h>和 using namespace Rcpp;和 // [[Rcpp::export]]将函数导出到 R，我更改了参数 SEXP至 NumericVector和 NumericMatrix .我不明白为什么这不起作用，并且可能对返回值进行类似的调整？

fastLm.cpp

#include <RcppArmadillo.h>

extern "C" SEXP fastLm(SEXP ys, SEXP Xs) {

    Rcpp::NumericVector yr(ys);                 // creates Rcpp vector from SEXP
    Rcpp::NumericMatrix Xr(Xs);                 // creates Rcpp matrix from SEXP
    int n = Xr.nrow(), k = Xr.ncol();

    arma::mat X(Xr.begin(), n, k, false);       // reuses memory and avoids extra copy
    arma::colvec y(yr.begin(), yr.size(), false);

    arma::colvec coef = arma::solve(X, y);      // fit model y ~ X
    arma::colvec resid = y - X*coef;            // residuals

    double sig2 = arma::as_scalar( arma::trans(resid)*resid/(n-k) );
                                                // std.error of estimate
    arma::colvec stderrest = arma::sqrt( sig2 * arma::diagvec( arma::inv(arma::trans(X)*X)) );

    return Rcpp::List::create(
        Rcpp::Named("coefficients") = coef,
        Rcpp::Named("stderr")       = stderrest
    ) ;

}

fastLm.cpp 已更改

#include <Rcpp.h>
#include <RcppArmadillo.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
extern "C" SEXP fastLm(NumericVector yr, NumericMatrix Xr) {

    int n = Xr.nrow(), k = Xr.ncol();

    arma::mat X(Xr.begin(), n, k, false);       // reuses memory and avoids extra copy
    arma::colvec y(yr.begin(), yr.size(), false);

    arma::colvec coef = arma::solve(X, y);      // fit model y ~ X
    arma::colvec resid = y - X*coef;            // residuals

    double sig2 = arma::as_scalar( arma::trans(resid)*resid/(n-k) );
                                                // std.error of estimate
    arma::colvec stderrest = arma::sqrt( sig2 * arma::diagvec( arma::inv(arma::trans(X)*X)) );

    return Rcpp::List::create(
        Rcpp::Named("coefficients") = coef,
        Rcpp::Named("stderr")       = stderrest
    ) ;

}

Answer 1

您需要指明对 RcppArmadillo 的依赖与 Rcpp::depends伪属性。这将负责查找 RcppArmadillo标题和链接针对 blas , lapack等等 ...

#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
List fastLm(NumericVector yr, NumericMatrix Xr) {

    int n = Xr.nrow(), k = Xr.ncol();

    arma::mat X(Xr.begin(), n, k, false);       // reuses memory and avoids extra copy
    arma::colvec y(yr.begin(), yr.size(), false);

    arma::colvec coef = arma::solve(X, y);      // fit model y ~ X
    arma::colvec resid = y - X*coef;            // residuals

    double sig2 = arma::as_scalar( arma::trans(resid)*resid/(n-k) );
                                                // std.error of estimate
    arma::colvec stderrest = arma::sqrt( sig2 * arma::diagvec( arma::inv(arma::trans(X)*X)) );

    return Rcpp::List::create(
        Rcpp::Named("coefficients") = coef,
        Rcpp::Named("stderr")       = stderrest
    ) ;

}

此外，使用 #include <RcppArmadillo.h> 非常重要。而不是 #include <Rcpp.h> . RcppArmadillo.h照顾包括 Rcpp.h 在正确的时间 , 并且包含文件的顺序在这里非常重要。

此外，您可以返回 List并删除 extern "C" .