multithreading - 使用 mkl 编译 r(支持多线程)

Question

我根据这些指南编译了 R:

http://www.r-bloggers.com/compiling-64-bit-r-2-10-1-with-mkl-in-linux/

http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#MKL

但是对于矩阵代数，R 并不使用所有可用的 CPU。

我都试过:

MKL="-L${MKL_LIB_PATH} -lmkl_gf_lp64 -lmkl_gnu_thread \
      -lmkl_core -fopenmp -lpthread"

和

MKL="   -L${MKL_LIB_PATH}                               \
-Wl,--start-group                               \
            ${MKL_LIB_PATH}/libmkl_gf_lp64.a        \
            ${MKL_LIB_PATH}/libmkl_gnu_thread.a     \
            ${MKL_LIB_PATH}/libmkl_core.a           \
 -Wl,--end-group                                 \
 -lgomp -lpthread"

选项。

如何强制 R 使用所有可用的 CPU？

如何检查 R 是否使用 MKL？

Answer 1

我想添加我的程序来编译 R 3.0.1 与 MKL 库。我在核心 i7 英特尔处理器、8G RAM 上使用 Debian 7.0。首先，我安装了 MKL 库，然后我使用以下命令设置了 MKL 相关的环境变量(MKLROOT 和 LD_LIBRARY_PATH):

>source /opt/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64

所以我使用以下参数来./configure:

>./configure --enable-R-shlib --enable-threads=posix --with-lapack --with-blas="-fopenmp -m64 -I$MKLROOT/include -L$MKLROOT/lib/intel64 -lmkl_gf_lp64 -lmkl_gnu_thread -lmkl_core -lpthread -lm"

并使用 make 和 make install 完成安装。

作为基准，我在没有 MKL 的两个 5000 x 5000 矩阵乘积之间做了一个乘积，得到:

用户系统已过期
57.455 0.104 29.033

并在编译后:

用户系统已过期
15.993 0.176 4.333

真正的收获!