在 Nextflow 管道中运行 Rscript

Question

我正在尝试在 Nextflow 管道中运行 Rscript。这个 Rscript 有一个包“ggolot2”。

我有这个错误:

Error in library(ggplot2): there is no package called "ggplot2",Execution halted.

为什么会出现该错误？

代码如下:

process fingerprint_plot {

    publishDir "${params.outdir}/fingerprint_plot", mode: 'copy'

    input:
    set val(sample_id), file(samples) from sample_cov_ch
    set val(control_id), file(controls) from control_cov_ch.collect()

    output:
    file("${sample_id}.fingerprint.pdf") into fingerprint_plot_ch

    script:
    """

    Rscript /mnt/Data/cut_and_tag/cut_tag_fingerprint_cmd.R --args ${controls} ${control_id} ${samples} ${sample_id} ${sample_id}.fingerprint.pdf

    """
}

Answer 1

可能 ggplot2 没有安装。你可以have Nextflow install it via conda像这样:

process fingerprint_plot {
    conda 'r-ggplot2'
    // ...