r - WGCNA 共享统计方法的命名空间

Question

我正在使用 WGCNA 中的函数具有参数 corType 的包，该参数采用要运行的特定相关性的字符串输入。两种主要的相关方法是“pearson”和“bicor”。当我运行该函数时，该函数开始处理 corType 参数时出现错误。如果我运行“pearson”，我会收到错误消息:

Error in (function(x, y - NULL, use = "everything", method = c("pearson", unused arguments (weights.x = NULL, weights.y = NULL,
cosine = FALSE)

如果我使用 corType 作为“bicor”运行该函数，则会收到错误消息:

Error in get(as.character(FUN), mode = "function", envir = envir) : 
  object 'bicor' of mode 'function' was not found

我在 biostars 上进行了一些搜索，结果似乎是 WGCNA遇到共享命名空间问题。一个旧帖子建议我做两件事之一:

重新启动 R 并只加载 WGCNA在运行该函数之前打包(这看起来很傻，因为我可能一天内多次运行该函数。)

将 cor 命名空间设置为 WGCNA 的命名空间(通过 WGCNA::cor )然后将其重置为默认值 stat包(通过 stat::cor)。这看起来更好，但可能仍然很笨重。

下面我尝试包含一个可重现的示例以及我的 R session 信息。值得一提的是我正在构建一个包，所以当我运行 WGCNA 函数时，它会在另一个函数中运行，而不是使用 require()对于每个包，我将它们添加到 DESCRIPTION 中的导入中并使用 foo::bar 在这些包中调用函数.我在自己的 R 环境中运行了以下代码并复制了错误。如果您需要任何进一步的信息，请告诉我。

cnames = c("GSM2886523", "GSM2886524", "GSM2886525", "GSM2886526", "GSM2886527")
test.expr.data <- matrix(c(0.1708434,-0.1129639,-0.09490149,-0.08757270,0.08918957, 
                           0.9866739,-1.0146009,-2.18310607,-1.92989284,-2.01153493, 
                           -0.1447803,0.2311808,-0.09179321,-0.16356002,-0.19043491, 
                           -0.2162092,0.2822163,0.06230056,-0.03903165,0.53407426, 
                           -0.2659731,0.1810084,0.02749196,-0.07015478,-0.07480163), 
                           nrow = 5, ncol = 5)
colnames(test.expr.data) <- cnames

wgcna_out = WGCNA::blockwiseModules(t(expr_data), power = 5, networkType = "signed", 
                                    corType = "pearson")
#Error in (function(x, y - NULL, use = "everything", method = c("pearson", unused arguments (weights.x = NULL, weights.y = NULL,
#cosine = FALSE)

wgcna_out = WGCNA::blockwiseModules(t(expr_data), power = 5, networkType = "signed", 
                                    corType = "bicor")
#Error in get(as.character(FUN), mode = "function", envir = envir) : 
#  object 'bicor' of mode 'function' was not found

我应该在每次运行此函数时设置然后重置 cor 命名空间，还是有更优雅的方法来解决此问题？

Answer 1

我知道这个问题；目前我只是使用

cor=WGCNA::cor

在我运行 WGCNA 代码之前。

我将不得不检查 bicor 问题，这不应该发生。