R:shapefile 上的梯度图

Question

我目前有一个英国的 shapefile，并绘制了英国不同地区的物种种群。到目前为止，我刚刚绘制了 3 个物种种群水平，并将它们着色为红色 = 高、橙色 = 中、绿色 = 低。但我想做的是有一个渐变图，而不是只受 3 种颜色的限制。
到目前为止，我有一个名为 Count 的表，该表将区域作为列名，然后是下面每个区域的物种计数。我的最低计数为 0，最高计数为 2500 左右，Count 中的区域与 shapefile 中的区域匹配。我有一个功能可以根据您自己输入的级别确定什么是高、中、低

    High<-colnames(Count)[which(Count>'input value here')]

然后将这些绘制到 shapefile 上，如下所示:

    plot(ukmap[(ukmap$Region %in% High),],col='red',add=T)

不幸的是，我无法真正安装任何软件包，我正在考虑使用 colorRamp，但我不确定该怎么做？

编辑:我的数据看起来像这样

      Wales   Midlands North Scotland South East South West
 1        551       32      124        1         49         28
 3         23       99      291      152        164        107
 4          1        7       17       11         21         14
 7        192       32       12        0          1          9
 9         98       97        5        1         21          0

第一列只是一个代表物种的数字，目前我有一个函数可以将计数绘制到英国 shapefile 上，但基于高、中和低的边界。上面的数据没有附加到我的 shapefile 中。然后我遍历数据集的每一行(物种)并为每条线(物种)绘制一张新 map 。

Answer 1

好吧，我咬一口。我不会使用基础 R 因为 plot对我来说太难理解了，所以我们将使用 ggplot2 .

# UK shapefile found via http://www.gadm.org/download
uk.url <- "http://www.filefactory.com/file/s3dz3jt3vr/n/GBR_adm_zip"

# replace following with your working directory - no trailing slash
work.dir <- "C:/Temp/r.temp/gb_map"

# the full file path for storing file
file.loc <- paste0(work.dir, "/uk.zip")

download.file (uk.url, destfile = file.loc, mode = "wb")
unzip(file.loc, exdir = work.dir)

# open the shapefile
require(rgdal)
require(ggplot2)
uk <- readOGR(work.dir, layer = "GBR_adm2")

# use the NAME_2 field (representing counties) to create data frame
uk.map <- fortify(uk, region = "NAME_2")

# create fake count data...
uk.map$count <- round(runif(nrow(uk.map), 0, 2500), 0)

# quick visual check
ggplot(uk.map, aes(x = long, y = lat, group = group, fill = count)) +
    geom_polygon(colour = "black", size = 0.5, aes(group = group)) +
    theme()

这会生成下面的输出，它可能与您需要的类似。



请注意，在这种情况下我们没有明确指定梯度 - 我们只是将其保留为 ggplot .如果您想指定这些细节，这是可能的，但涉及更多。如果您沿着这条路线走下去，您应该在 uk.map 中创建另一列使用 cut 将每个计数分配到(比如说)10 个 bin 中的一个功能。 uk.map数据框如下所示:

> str(uk.map)
'data.frame':   427339 obs. of  8 variables:
 $ long : num  -2.05 -2.05 -2.05 -2.05 -2.05 ...
 $ lat  : num  57.2 57.2 57.2 57.2 57.2 ...
 $ order: int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 $ hole : logi  FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE ...
 $ piece: Factor w/ 234 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ group: Factor w/ 1136 levels "Aberdeen.1","Aberdeenshire.1",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ id   : chr  "Aberdeen" "Aberdeen" "Aberdeen" "Aberdeen" ...
 $ count: num  1549 1375 433 427 1282 ...
>