R:如何将包提供的方法导出到 PSOCK 集群？

Question

在 R ，我有一个矩阵列表，想对列表中的矩阵应用汇总函数。矩阵代表社交网络，因此我需要应用 ergm 提供的一些专门的汇总函数。包裹。这些汇总统计信息包含在汇总方法中。我可以编写一个函数作为此摘要方法的包装器并使用 lapply将该函数应用于矩阵列表。

但是，当我尝试使用 parLapply 来并行化它时或 parSapply来自 parallel包，结果看起来很奇怪。当我导出 summary.statistics 时功能，我什至收到一条错误消息。

ergm包提供的summary方法一定要导出到cluster对象吗？如果是这样，如何？以下代码是一个独立的示例。

library("ergm")
library("parallel")

# create list of matrices
m <- matrix(rbinom(900, 1, 0.1), nrow = 30)
l <- list(m, m, m, m, m)

# write wrapper function that computes results
fun <- function(mat) {
  s <- summary(mat ~ edges + dsp(1))
  return(s)
}

cl <- makePSOCKcluster(2)  # create cluster object

test1 <- sapply(l, fun)  # works!
test2 <- parSapply(cl, l, fun)  # problem: results look weird!

clusterExport(cl, varlist = "summary.statistics")
test3 <- parSapply(cl, l, fun)  # problem: says method is not applicable!

Answer 1

您应该使用以下内容在工作程序中加载包，而不是导出包中定义的函数:

clusterEvalQ(cl, library("ergm"))

您应该始终加载工作函数所需的所有包，因为它们不会因为包已由主程序加载而自动加载。