julia - Julia中的聚类和距离计算

Question

我有一个(x，y，z)形式的n个坐标点的集合。这些存储在n x 3矩阵M中。

Julia中是否有一个内置函数来计算每个点与每个其他点之间的距离？我正在处理少量点，因此计算时间不太重要。

我的总体目标是运行一个聚类算法，因此，如果有一个我可以查看的聚类算法，不需要我先计算这些距离，也请提出这一建议。下面是我想对其进行聚类的数据示例。显然，我只需要对z坐标执行此操作。

Answer 1

要计算距离，请使用Distances package。

给定矩阵X，您可以计算列之间的成对距离。这意味着您应该提供输入点(您的n个对象)作为矩阵的列。 (在您的问题中，您提到了nx3矩阵，因此您必须使用transpose()函数将其转置。)

这是有关如何使用它的示例:

>using Distances  # install with Pkg.add("Distances")

>x = rand(3,2)

3x2 Array{Float64,2}:
 0.27436   0.589142
 0.234363  0.728687
 0.265896  0.455243

>pairwise(Euclidean(), x, x)

2x2 Array{Float64,2}:
 0.0       0.615871
 0.615871  0.0     

如您所见，以上代码返回 X列之间的距离矩阵。您可以根据需要使用其他距离度量，只需检查软件包的文档即可。