r - 在 R 中使用 apply 将矩阵转换为配对列表？

Question

我有一个类似于下面的矩阵，但更大。

vec <- c(0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0)
M <- matrix(vec, nrow = 4, byrow = TRUE)
colnames(M) <- rownames(M) <- LETTERS[1:4]

   A, B, C, D
A, 0, 1, 1, 0
B, 0, 0, 1, 1
C, 1, 0, 0, 0
D, 0, 1, 1, 0

最终，我想要一个矩阵或 data.frame，其中每次行中的调用都有一个值，我最终得到一个行名，列名对。因此，鉴于上述矩阵，我最终得到以下矩阵或数据框:

A,B
A,C
B,C
B,D
C,A
D,B
D,C

我可以用循环和 expand.grid 来做到这一点，但这似乎是我应该能够用应用函数来做的事情。例如，我可以像这样到达那里:

tmp <- apply(M, 1, function(x) colnames(M)[which(x > 0)])

这给了我

$A
[1] "B" "C"
$B
[1] "C" "D"
$C
[1] "A"
$D
[1] "B" "C"

如果这很容易，那么我还可以将单元格中的数字(对于大于 0 的单元格)作为第三列包含在内吗？

Answer 1

安 igraph方法

library(igraph)  
as_data_frame(graph_from_adjacency_matrix(M, weighted = TRUE))

graph_from_adjacency_matrix()将矩阵作为输入并返回一个图形。使用 weighted=TRUE将非零值作为权重返回。 as_data_frame返回带有关联属性的边列表(在本例中为权重)

所以对于你的例子，

as_data_frame(graph_from_adjacency_matrix(M, weighted = TRUE))
#   from to weight
# 1    A  B      1
# 2    A  C      1
# 3    B  C      1
# 4    B  D      1
# 5    C  A      1
# 6    D  B      1
# 7    D  C      1