r - 进行按行替换的“正确”方法

Question

我有一个数据框，看起来像:

dataDemo <- data.frame(POS = 1:4 , REF = c("A" , "T" , "G" , "C") , 
    ind1 = c("A" , "." , "G" , "C") , ind2 = c("A" , "C" , "C" , "."),
                                                  stringsAsFactors=FALSE)

dataDemo

  POS REF ind1 ind2
1   1   A    A    A
2   2   T    .    C
3   3   G    G    C
4   4   C    C    .

我想用 REF 替换所有的“.”该行的值。这是我如何做到的:

for(i in seq_along(dataDemo$REF)){
    dataDemo[i , ][dataDemo[i , ] == '.'] <- dataDemo$REF[i]
}

我想知道在 R 中是否有更“正确”或惯用的方法来执行此操作。我通常尽可能使用 *apply ，这似乎可以轻松适应该方法并使其更具可读性(和跑得更快)，但尽管投入了大量时间，但我并没有取得太大进展。

Answer 1

在 dplyr ,

library(dplyr)

dataDemo %>% mutate_each(funs(ifelse(. == '.', REF, as.character(.))), -POS)
#   POS REF ind1 ind2
# 1   1   A    A    A
# 2   2   T    T    C
# 3   3   G    G    C
# 4   4   C    C    C