r - 向 ordiplot3d() 添加点

Question

我正在使用 vegan{} 制作 PCA，我还想按因子标记我的点(而不是按它们唯一的行标识，这是 biplot.rda 的默认值())。对于我的 2D PCA，我使用了建议的方法 here加文·辛普森 (Gavin Simpson) 着。我想问问聪明的R社区是否有这种创建自定义标记PCA的方法的3D版本。以下是适用于 2D PCA 的方法:

#Relabel a la Gavin Simpson:
site.scr<-scores(dat.pca,display="sites",scaling=2,choices=c(1,2,3))
spp.scr<-scores(dat.pca,display="species",scaling=2,choices=c(1,2,3))

## generate x,y lims
xlims <- range(site.scr[,1], spp.scr[,1])
ylims <- range(site.scr[,2], spp.scr[,2])

## plot what you want, but leave out sites
biplot(dat.pca, display = "species", xlim = xlims, ylim = ylims)
points(site.scr[39:65,2:3],col="green",pch=1)   #These sites are in green
points(site.scr[1:38,2:3],col="brown",pch=3)        #These sites are in brown

我已经在我的一台计算机上使用 ordirgl() 完成了此操作，但是有些 R 版本/OS 组合不能很好地与 rgl 配合使用(这似乎是一个问题人数)，所以我希望能够在 rgl() 和 ordiplot3d()

中绘制情节

ordiplot3d(dat.pca, display = "species", scaling = 3)

这个绘图指向 3D 空间而不是 biplot.rda 的向量(第一期——我在使用 rgl 时也有这个问题——我认为这些点是在正常 biplot.rda()主成分分析)。这对我来说不是很关心，但如果有人知道如何在 ordirgl 中绘制这些矢量并标记它们，我想知道。更大的问题是，一旦制作完成，我很难向 ordiplot3d 添加点。理想情况下，这类似于 points()。我在几个不同的问题线程中看到了这一点，但如果有一个不需要 rgl 的优雅解决方案会很好。

Answer 1

我编写了一个名为 pca3d ( http://cran.r-project.org/web/packages/pca3d/index.html ) 的小程序包，它也可以创建 3D 双标图。我独立地缩放样本和变量，因此变量加载是直接可比较的。但是，它是测试版，所以要小心。