bash - 选择特定字段并将它们写入新文件

Question

我的任务是将几个文件汇总到一个 tsv 文件中。我必须从文件列表中选择特定数据并将其写为 tsv 文件中的一行制表符分隔列。文件中的每一行都有一个“名称”作为第一列，因此很容易过滤数据($1 ==“NAME”)。一个文件 == tsv 中的一行。到目前为止，我写了这个:

#! /bin/bash
cat > newFile.txt
for f in *.pdb; do
awk '$1 == "ACCESSION" {print $2}' ORS="/t" "$f" >> newFile.txt
awk '$1 == "DEFINITION" {print $2}' ORS="/t" "$f" >> newFile.txt
awk '$1 == "SOURCE" {print $2}' ORS="/t" "$f" >> newFile.txt
awk '$1 == "LOCUS" {print$4}' ORS="/r" "$f" >> newFile.txt
done

显然，代码的这种暴行是行不通的。是否可以修改我写的内容并使用 awk 完成任务？
文件示例:

LOCUS \t NM_123456 \t 2000bp \t mRNA
DEFINITION \t Very nice gene from a very nice mouse
ACCESSION \t NM_123456
VERSION \t 1.000
SOURCE \t Very nice mouse

最终结果:

NM_123456 /t Very nice gene from a very nice mouse /t Very nice mouse /t mRNA
NM_345678 /t Not so nice gene from an angry elephant /t Angry Elephant /t mRNA

“/t”代表制表符(对不起，我不知道如何写)。此外示例文件包含更多信息，我只是给了一个“标题”让我们说。

Answer 1

在普通的 bash 中:

for file in *.pdb; do
    acc=
    def=
    src=
    loc=
    while IFS=$'\t' read -ra fields; do
        if [[ ${fields[0]} = "ACCESSION" ]]; then
            acc=${fields[1]}
        elif [[ ${fields[0]} = "DEFINITION" ]]; then
            def=${fields[1]}
        elif [[ ${fields[0]} = "SOURCE" ]]; then
            src=${fields[1]}
        elif [[ ${fields[0]} = "LOCUS" ]]; then
            loc=${fields[3]}
        fi
    done < "$file"
    printf '%s\t%s\t%s\t%s\n' "$acc" "$def" "$src" "$loc" >> newFile.txt
done