shell - tcsh:foreach 命令在终端中运行良好，但在从 tcsh 脚本文件调用时不起作用

Question

对于问题的简化版本，请先阅读下面的 Update1。

我制作了一个 tcsh 文件，将其运行的文件夹中所有文件/文件夹的列表保存到一个文件中(我正在处理一个神经成像项目，并且我有一个包含许多主题的文件夹 RawData每个都有一个文件夹；我写了这个文件 genSubjList.tcsh 以将主题列表保存到文件 subjList.txt 中)。文件中的代码是:

foreach subj (*)
    echo $subj >> subjList.txt
end

当我切换到终端中的 RawData 目录并在终端中编写这段代码时，它会毫无问题地生成主题列表，但是当我使用 source 命令调用 genSubjList.tcsh 时:

source ../scripts/genSubjList.tcsh

它只是将RawData中第一个文件夹(subject)的名称写入subjList.txt；我已经使用 chmode +x 使 genSubjList.tcsh 可执行(“脚本”文件夹位于 RawData 的父文件夹中并包含 genSubjList.tcsh)

当我在终端内运行代码时的输出是文件 subjList.txt 包含:

主题1主题2主题3...主题 n

当我使用 source ../scripts/genSubjLits.tcsh 运行代码时的输出是文件 subjList.txt 包含:

主题1

如果您能帮我找出我哪里出错了，我将不胜感激。谢谢!

关于我为什么要弄清楚问题是什么的补充说明:

问题不仅仅是生成主题列表；我想了解为什么这个 tcsh 脚本不起作用，因为主要问题是我正在使用 FreeSurfer (surfer.nmr.mgh.harvard.edu) 来分析许多主题；我想并行分析它们，所以我开发了一些脚本将主题分为 5 组(存储在 5 个名为 subjList1.txt .. subjList5.txt 的文件中，每个文件都有多个主题)。然后，我想在 5 个终端中并行运行以下代码:

foreach subj (`cat subjList1.txt`)
    echo $subj
    recon-all -i $RAW_DATA/$subj/T1/*0001.dcm -subject $subj -all
end

其中 subjList1.txt 被 subjList2、3 等替换为并行终端； recon-all 线对每个主题进行分析。同样，当我在终端内运行这段代码时，每个 subjList 中的所有主题都会被分析，但是当我将同一段代码保存在多个脚本文件(recon1.tcsh .. recon5.tcsh)中并使用它们调用时:

source recon1.tcsh

仅分析每个 subjList 中的第一个主题。

更新1:

有趣的是，如果这个简单的循环:

foreach i (1 2 3 4 5)
    echo $i
end

保存在文件loop.tcsh中，调用方式:

source loop.tcsh

输出将仅为 1，这意味着它刚刚通过第一轮循环。

同样的问题在BASH中不存在；如果这个循环:

for i in {1..5} ; do
    echo $i
done

存储在文件 loop2.bash 中，使用以下方式调用:

source loop2.bash

它没有任何问题!

更新2:

该问题在BASH中不存在；如果这段代码:

for subj in * ; do
    echo $subj >> subjList.txt
done

存储在文件 genSubjList.bash 中并使用以下方式调用:

source ../scripts/genSubjList.bash

在 bash 环境下，它可以毫无问题地生成主题列表!

Answer 1

我知道这是旧的，但我遇到了这个，因为我刚才遇到了同样的问题，我自己解决了。

我在 tcsh foreach 脚本的“结束”之后添加了一个空行，它工作正常。在此之前，它只会运行列表中的第一项，然后停止。 Bash 脚本对我来说效果很好，就像最初的海报一样。为什么空白行很重要？