R:如何从汇总模型拟合中提取信息

Question

library(nlme)
fm1 <- nlme(height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc),
            data = Loblolly,
            fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1,
            random = Asym ~ 1,
            start = c(Asym = 103, R0 = -8.5, lrc = -3.3))
> summary(fm1)
Nonlinear mixed-effects model fit by maximum likelihood
  Model: height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc) 
 Data: Loblolly 
       AIC      BIC    logLik
  239.4856 251.6397 -114.7428

Random effects:
 Formula: Asym ~ 1 | Seed
            Asym  Residual
StdDev: 3.650642 0.7188625

Fixed effects: Asym + R0 + lrc ~ 1 
         Value Std.Error DF   t-value p-value
Asym 101.44960 2.4616951 68  41.21128       0
R0    -8.62733 0.3179505 68 -27.13420       0
lrc   -3.23375 0.0342702 68 -94.36052       0
 Correlation: 
    Asym   R0    
R0   0.704       
lrc -0.908 -0.827

Standardized Within-Group Residuals:
        Min          Q1         Med          Q3         Max 
-2.23601930 -0.62380854  0.05917466  0.65727206  1.95794425 

Number of Observations: 84
Number of Groups: 14 

我有兴趣从 NLME 拟合的摘要输出中提取信息。

我想提取

随机效应的 StdDev(即 Asym 的 StdDev，= 3.65)对于这个我试过 fm1$apVar但没有运气。

固定效应的参数估计(即 Asym = 101.44960，R0 = -8.62733 等)，可以通过 fixef(fm1) 提取

固定效应的标准误差(即 2.46、0.317、0.034)。对于这个我已经尝试过 sqrt(diag(fm1$varFix))但是这些值与固定效应下的 Std.Error 列下的值不完全匹配？

对数似然(即 -114.7428，可以使用 fm1$logLik 提取)

残差(即 0.7188625，可以使用 fm1$Residuals 提取)

我的最终目标是拟合多个模型并将它们各自的汇总估计值存储到一个有组织的 data.frame 中。 .

fm1 <- nlme(height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc),
            data = Loblolly,
            fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1,
            random = Asym ~ 1,
            start = c(Asym = 103, R0 = -8.5, lrc = -3.3))

fm2 <- nlme(height ~ SSasymp(age, Asym, R0, lrc),
            data = Loblolly,
            fixed = Asym + R0 + lrc ~ 1,
            random = Asym ~ 1,
            start = c(Asym = 103, R0 = -5.4, lrc = -3.3))

summary(fm1)
summary(fm2)

mylist = list(NULL, summary(fm1), NULL, summary(fm2), NULL, NULL)

假设我的列表对象看起来像 mylist .现在我想创建一个 data.frame看起来像:

model    FixedAsym    FixedAsymStdError   FixedR0      ...     Residual
 1       101.44960        2.4616951       -8.62733            0.7188625
 2       101.44934        2.4616788       -8.62736     ...    0.7188625

为了创建这个 data.frame(行数对应于我在 mylist 中有多少模型摘要)，我需要从模型摘要输出中系统地提取这些值(编号为 1-5)。

Answer 1

这里还有几件……

as.numeric(VarCorr(fm1)[,2])
# [1] 3.6506418 0.7188625

summary(fm1)$tTable[,2]
#       Asym         R0        lrc 
# 2.46169512 0.31795045 0.03427017 

# looks like you don't need this one anymore, but here's a way of getting it
summary(fm1)$corFixed
#            Asym         R0        lrc
# Asym  1.0000000  0.7039498 -0.9077793
# R0    0.7039498  1.0000000 -0.8271022
# lrc  -0.9077793 -0.8271022  1.0000000

抱歉，这不是一个完整的答案 - 可能很难像您描述的那样创建汇总表，因为每个潜在行的结构都不同，并且取决于哪些变量作为固定和随机效应包含在内.