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r - R中的大协方差矩阵

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-04 15:59:37 24 4
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从基因表达数据(40000 个基因(变量)x 30 个观察值)我想创建一个 40000 x 40000 的协方差矩阵。这绝对比我的 RAM 大。使用包“ff”,我设法为相关性预先分配了一个 40000x40000 的空矩阵。然而,'cov' 或 'cor' 函数将在我的系统上只管理一个 5000x5000 的协方差矩阵,所以我必须进行分块 1:5000、5001:10000 等协方差计算并沿对角线填充预分配矩阵。有没有人知道一种算法来填充矩阵中的“缺失补丁”,即 1 和 22000 之间的协方差(或相关性)。我知道我可以进行所有成对组合并逐一填充矩阵,但是'cor ' 相当快...
那么,有没有办法使用已经计算出的协方差来计算 1/22000 的 cov(或 cor)?

提前致谢!

最佳答案

您可以使用 cov用 2 个参数来计算非对角块。

cov( x[,1:5000], x[,5001:10000] )

关于r - R中的大协方差矩阵,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/14911489/

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