r - 无法在 opencpu 中访问用户帐户下的 R 包

Question

我正在尝试从 opencpu 访问安装在用户帐户下的 R 包。当我以该用户身份启动 R 时，我可以看到该软件包已安装:

> installed.packages() 
           Package      LibPath                                         
RLIM       "RLIM"       "/limdata/ali/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0"
...
> system('whoami');
ali

但是，当我尝试从 opencpu 访问该库时，出现错误指示未找到该包:

$ curl -L http://<my.server>/ocpu/user/ali/library/RLIM
there is no package called 'RLIM'

In call:
find.package(pkgname, lib.loc = lib.loc)
# from same server, to confirm opencpu is running... 
$ curl -L http://<my.server>/ocpu/library 
base
bitops
boot
brew
...

任何帮助将不胜感激!

平台信息:

主机:Ubuntu 12.04

opencpu-server 1.0.4-precise0

opencpu-lib: 1.0.4-precise0

R 版本 3.0.2 (2013-09-25) -- "飞盘航行"

Answer 1

您的家庭图书馆似乎不在 /home/ali/ 的默认位置.因此需要一些额外的步骤来访问你的包。

首先，默认的安全配置文件不允许 OpenCPU 访问 /limdata/ .要验证这确实是问题所在，请查看 /var/log/kern.log并搜索包含 APPARMOR 的行和 DENIED .请阅读 PDF server manual 中标题为自定义安全配置文件的部分。 .

要将您的家庭图书馆添加到安全配置文件，请编辑 /etc/apparmor.d/opencpu.d/custom并添加这些行:

/limdata/ r,
/limdata/** mrix,

之后，重启apparmor和opencpu:

 sudo service apparmor restart
 sudo service opencpu restart

那应该注意安全限制。我希望能做到；老实说，我还没有测试过主目录在 /home 之外的场景。但我想如果你的 R_LIBS_USER环境变量配置正确，它应该可以工作。如果不让我知道:-)