R Shiny 的 future : plan(multiprocess)/plan(multicore) + Kill long running process

Question

我写这篇文章是为了在我 Shiny 的应用程序中使用计划(多进程)或计划(多核)并杀死长时间运行的进程寻求一些帮助。该应用程序有多个 future 事件(长时间运行的进程)，这些事件在单击其相应的 actionButton 时运行。下面是在应用程序的服务器功能中使用的 future() 命令的示例应用程序。我一直在使用 stopMulticoreFuture(fut) 来终止进程。

library(shiny)
library(shinydashboard)
library(promises)
plan(multicore)
library(ipc)
sidebar <- dashboardSidebar(width = 200, sidebarMenu(id = "tabs",
                                                     menuItem("File", tabName = "tab1", icon = icon("fas fa-file"))))
body <- tabItem(tabName = "tab1",h2("Input File"),
                fluidRow(tabPanel(
                    "Upload file",
                    value = "upload_file",
                    fileInput(
                      inputId = "uploadFile",
                      label = "Upload Input file",
                      multiple = FALSE,
                      accept = c(".txt")
                    ),
                    checkboxInput('header', label = 'Header', TRUE)
                  ),
                  box(
                    title = "Filter X rows",
                    width = 7,
                    status = "info",
                    tabsetPanel(
                      id = "input_tab",
                      tabPanel(
                        "Parameters",
                        numericInput(
                          "nrows",
                          label = "Entire number of rows",
                          value = 5,
                          max = 10
                        ),
                        actionButton("run", "Analyze"),
                        actionButton("cancel", "Cancel")
                      ),
                      tabPanel(
                        "Results",
                        value = "results",
                        navbarPage(NULL,
                                   tabPanel(
                                     "Table", DT::dataTableOutput("res_table"), 
                                     icon = icon("table")
                                   )),
                        downloadButton("downList", "Download")
                      )
                    )
                  )
                ))
ui <-
  shinyUI(dashboardPage(
    dashboardHeader(title = "TestApp", titleWidth = 150),
    sidebar,dashboardBody(tabItems(body))
  ))


server <- function(input, output, session) {
  file_rows <- reactiveVal()
  observeEvent(input$run, {
    prog <- Progress$new(session)
    prog$set(message = "Analysis in progress",
             detail = "This may take a while...",
             value = NULL)
    file_nrows <- reactive({
      return(input$nrows)
    })

    file_nrows_value <- file_nrows()

    file_input <- reactive({
      return(input$uploadFile$datapath)
    })

    file_input_value <- file_input()

    fut<- NULL

    fut<<- future({system(paste(
      "cat",
      file_input_value,
      "|",
      paste0("head -", file_nrows_value) ,
      ">",
      "out.txt"
    ))
    head_rows <- read.delim("out.txt")
    head_rows
    }) %...>%
     file_rows() %>%
     finally(~prog$close())
})

  observeEvent(file_rows(), {
    updateTabsetPanel(session, "input_tab", "results")
    output$res_table <-
      DT::renderDataTable(DT::datatable(
        file_rows(),
        options = list(
          searching = TRUE,
          pageLength = 10,
          rownames(NULL),
          scrollX = T
        )
      ))
  })

  output$downList <- downloadHandler(
    filename = function() {
      paste0("output", ".txt")
    }, content = function(file) {
      write.table(file_rows(), file, row.names = FALSE)
    }
  )

  observeEvent(input$cancel,{
    stopMulticoreFuture(fut)
  })

}

shinyApp(ui = ui, server = server)

当我单击“取消”按钮时，UI 被禁用，但控制台显示以下警告，并且命令仍会在控制台中执行。

Warning: Error in stopMulticoreFuture: stopMulticoreFuture only works on multicore futures

由于这个例子代表了一个快速运行的过程，所以在单击 Cancel 之前会执行 future() 命令。 .

在实际情况下，即使在单击“取消”之后，将来(长过程)中的命令在警告后仍会在控制台中运行，而 UI 已被禁用。

该应用程序目前在具有 4 个内核的 MAC 上运行。我怎么能终止在控制台中运行的进程，而只是禁用 UI？

我目前正在测试我的应用程序，如果能够在规划多进程/多核和终止进程方面获得专家意见，使应用程序能够高效地在并行用户之间运行异步进程，那就太好了。最终的应用程序将在具有 4 个虚拟 CPU 的 Ubuntu 机器上运行。

Answer 1

这里有几个问题:

您失踪了 library(promises) , plan(multicore)和 library(ipc) .

fut不是 future ，是因为%...>%的 promise , 所以 stopMulticoreFuture不会工作。

ObserveEvent表达式需要返回 promise 以外的东西，否则你的 UI 会阻塞。

自 stopMulticoreFuture只是杀死进程，我不能向您保证它可以与 system 一起使用创建子进程的调用。您可能需要找出这些的 pid 值并自己杀死它们。