r - 例子？如何在 lmer 中指定 theta 和 beta 的起始值？

Question

我对 R 比较陌生，仍然难以理解一些文档。我正在使用 glmer 分析，我的目标是指定 theta(截距)和 beta(固定效果)的起始值。

任何人都可以提供一个示例，说明一个测试版和多个测试版的代码应该是什么样子？

我看过 glmer 文档，上面写着“开始
模型中参数的起始值的命名列表，或数字向量。数字起始参数将用作 theta 的起始值。如果 start 是一个列表，则 theta 元素(一个数字向量)用作第一个优化步骤的起始值(默认 = 1 表示对角线元素，0 表示较低 Cholesky 因子的非对角线元素)；来自第一步的 theta 拟合值加上 start[["fixef"]]，用作第二个优化步骤的起始值。如果 start 同时具有 fixef 和 theta 元素，则跳过第一个优化步骤。有关更多详细信息或更精细的优化控制，请参阅模块化。”

我已成功指定 theta 起始值，但我不知道如何同时指定 theta 和 beta(或多个 beta)。

Glucose1 <- glmer(GlucoseYN ~ 1 + (1|Subject), data=LongFormat, family = "binomial", glmerControl(optimizer = "bobyqa", optCtrl = list(maxfun = 10000000)))

getME(Glucose1, c("theta","beta"))
# theta = 3.276187, beta = -0.3515557

Glucose1b <- glmer(GlucoseYN ~ 1 + (1|Subject), data=LongFormat, family = "binomial", start = 3.276187, glmerControl(optimizer = "bobyqa", optCtrl = list(maxfun = 10000000)))

Answer 1

这是其中之一 glmer添加了 start 参数的示例，因为听起来您希望使用它:

library(lme4)

glmer(
  cbind(incidence, size - incidence) ~ period + (1 | herd),
  data = cbpp,
  family = binomial,
  start = list(theta = 0.6, fixef = c(-1.4, -1, -1.1, -1.6))
)

所以在你的情况下:

Glucose1b <-
  glmer(
    GlucoseYN ~ 1 + (1 | Subject),
    data = LongFormat,
    family = "binomial",
    control = glmerControl(optimizer = "bobyqa", optCtrl = list(maxfun = 10000000)), 
    start = list(theta = 3.276187, fixef = -0.3515557)
  )