Snakemake:你能扩展两个因变量吗？

Question

我正在为一系列基因和标记运行关联。我有一个基因列表 genes = ['gene1', 'gene2', ...] 和一个字典，其中键是基因名称，值是我想要关联的标记列表该基因，即 markers = {'gene1': ['marker1.1', 'marker1.2', ...], 'gene2': ['marker2.1', 'marker2.2', . ..], ...}。我有一个规则，为给定的基因和标记输出文件 gene/assoc/marker。

是否有可能同时扩展 genes 列表和 markers 字典，这样被扩展的基因就可以作为字典的键？类似于以下内容:

markers = {
    'gene1': ['marker1.1', 'marker1.2', ...],
    'gene2': ['marker2.1', 'marker2.2', ...],
    ...
}
genes = markers.keys()

rule all:
    input:
        expand('{gene}/assoc/{marker}', gene=genes, marker=markers[current_gene])

Answer 1

可以使用提前展开:

gimme_files = []
for marker in markers:
    _gimme_per_marker = expand('{gene}/assoc/{marker}', gene=marker, marker=markers[marker])
    gimme_files.extend(_gimme_per_marker)

rule all:
    input:
        gimme_files