r - 使用自定义编织函数并评估列表中引用的函数时，Knitr 未从前一个 block 中找到函数

Question

我遇到过奇怪的情况，当一个 block 无法找到在前一个 block 中定义的函数时，编写 R markdown 文档会失败。

我在下面隔离了其中一个(我能做到的最多)，这就是它失败的原因:

• 手动运行每个 block 时运行没有问题
• 仅当我在 YAML header 中使用自定义编织函数时编织才会失败
• knitr 仅在我 eval 引用表达式并在列表/映射函数(lapply 或 purrr:: )
  • 即如果我执行 eval(an_eval[[1]])
  没有问题

可重现的 Rmd 文件内容

---
output:
  html_document

knit: (function(input, encoding) {
    rmarkdown::render(
      input = input,
      encoding = encoding,
      output_file = 'a_file.html'
    )
  })
---

```{r}
library(knitr)
```

```{r define_function}
a_function <- function() return("a function")
```

```{r runs_fine}
a_function()
```

```{r this_fails}
an_exprs <- list(quote(a_function()))
lapply(an_exprs, eval)
```

错误:

Quitting from lines 26-28 (Debug.Rmd) 
Error in a_function() : could not find function "a_function"
Calls: <Anonymous> ... withVisible -> eval -> eval -> lapply -> FUN -> FUN
Execution halted

session :

> sessionInfo()
R version 3.6.3 (2020-02-29)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS Catalina 10.15.4

Matrix products: default
BLAS:   /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] knitr_1.28

Answer 1

此时需要指定rmarkdown::render()的envir参数，否则默认环境为parent.frame()，这是您在 YAML 中提供给 knit 的(匿名)函数的内部环境。

---
output:
  html_document

knit: (function(input, encoding) {
    rmarkdown::render(
      input = input,
      encoding = encoding,
      envir = globalenv()
    )
  })
---

```{r}
library(knitr)
```

```{r define_function}
a_function <- function() return("a function")
```

```{r runs_fine}
a_function()
```

```{r this_fails}
an_exprs <- list(quote(a_function()))
lapply(an_exprs, eval)
```