在R中读写csv.gz文件

Question

关于此主题，有很多similar问题，但是在R下，没有非常精确的问题可以解决。

我有一个csv.gz文件，我想“解压缩”该文件并将其作为普通的* .csv文件。我想一个人会先读取csv.gz文件，然后再通过write.csv命令创建csv文件本身。

这是我尝试过的其他事情的一部分:

gz.file <- read.csv(gzfile(file.choose()), as.is = TRUE)

给出:

  head(gz.file)
        farmNo.milk.energy.vet.cows
  1     1;862533;117894;21186;121
  2     2;605764;72049;43910;80
  3     3;865658;158466;54583;95
  4     4;662331;66783;45469;87
  5     5;1003444;101714;81625;125
  6     6;923512;252408;96807;135

文件声称是data.frame但行为不像一个，我在这里缺少什么？

 class(gz.file)
 [1] "data.frame"

一旦读入内存，我想将其保存在纯csv文件中，那么write.csv将是解决方案吗？

write.csv(gz.file, file="PATH")

Answer 1

在最新版本的data.table中，快速的csv阅读器fread支持csv.gz文件。它会根据文件名自动检测是否需要解压缩，因此无需学习太多新知识。以下应该工作。

library(data.table)
dt = fread("data.csv.gz")

正如您可以在 ?fread manual中阅读的那样，此功能需要额外的，幸运的是轻量级的依赖项。

Compressed files ending .gz and .bz2 are supported if the R.utils package is installed.

要编写压缩参数，请使用 fwrite(compress="gzip")。