r - 以文本/表格格式显示 TraMineR (R) 树状图

Question

我使用以下 R 代码生成带有基于 TraMineR 序列的标签的树状图(见附图):

library(TraMineR)
library(cluster)
clusterward <- agnes(twitter.om, diss = TRUE, method = "ward")
plot(clusterward, which.plots = 2, labels=colnames(twitter_sequences))

完整代码(包括数据集)可以在 here 中找到.

由于树状图以图形方式提供信息，因此以文本和/或表格格式获取相同的信息会很方便。如果我调用对象集群的任何方面(由 agnes 创建)，例如“排序”或“合并”，我会使用数字而不是从 colnames(twitter_sequences) 获得的名称标记所有内容。 .另外，我不知道如何输出树状图中以图形方式表示的分组。

总结一下: 如何使用 R 和理想情况下的traminer/cluster 库正确显示文本/表格格式的集群输出？

Answer 1

问题涉及cluster包裹。 agnes.object 的帮助页面返回者 agnes(参见 http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/cluster/html/agnes.object.html )声明该对象包含一个 order.lab组件“类似于 order，但包含观察标签而不是观察编号。此组件仅在原始观察被标记时可用。”

TraMineR 生成的相异矩阵(在您的情况下为 twitter.om)目前不保留序列标签作为行和列名称。获取 order.lab组件您必须手动分配序列标签作为 rownames和 colnames您的 twitter.om矩阵。我在这里用 mvad 说明TraMineR 包提供的数据。

library(TraMineR)
data(mvad)
## attaching row labels 
rownames(mvad) <- paste("seq",rownames(mvad),sep="")
mvad.seq <- seqdef(mvad[17:86]) 
## computing the dissimilarity matrix
dist.om <- seqdist(mvad.seq, method = "OM", indel = 1, sm = "TRATE")
## assigning row and column labels 
rownames(dist.om) <- rownames(mvad) 
colnames(dist.om) <- rownames(mvad) 
dist.om[1:6,1:6]

## Hierarchical cluster with agnes library(cluster) 
cward <- agnes(dist.om, diss = TRUE, method = "ward")

## here we can see that cward has an order.lab component 
attributes(cward)

那是为了得到 order带有序列标签而不是数字。但是现在我不清楚您想要文本/表格形式的哪个集群结果。从树状图中，您决定要在何处切割它，即您想要的组数，然后用 cutree 切割树状图。 ，例如 cl.4 <- cutree(clusterward1, k = 4) .结果 cl.4是一个包含每个序列的集群成员的向量，您将获得组 1 的成员列表，例如，使用 rownames(mvad.seq)[cl.4==1] .

或者，您可以使用 identify方法(参见 ?identify.hclust )从图中以交互方式选择组，但需要将参数作为 as.hclust(cward) 传递.这是示例的代码

## plot the dendrogram
plot(cward, which.plot = 2, labels=FALSE)

## and select the groups manually from the plot
x <- identify(as.hclust(cward)) ## Terminate with second mouse button

## number of groups selected
length(x)
## list of members of the first group
x[[1]] 

希望这可以帮助。