r - 使用 na.omit r NA.RM 和 lapply 在 Dataframe 的多列中忽略 R 中的 NA

Question

我有一个看起来像这样的数据框:

 SampleNo Lab1  Lab2  Lab3 lab4    lab5    lab6    lab7   lab8    lab9   lab10 
1  59.84    60.59   60.39   60.29   60.19   60.32   60.24   60.3    60.43   NA
2  59.78    60.19   60.16   60.23   60.32   60.46   60.53   60.2    60.40   59.6
3  59.86    60.17   60.22   60.28   60.18   60.42   60.21   60.0    60.44   NA 
4  59.85    60.42   60.28   60.31   60.19   60.41   60.54   60.2    60.48  59.7 
5  59.97    60.79   60.30   60.26   60.40   60.47   60.52   60.0    60.46   59.7
6  60.03    60.26   60.36   60.21   60.32   60.46   60.50   60.1    60.29   60.0

我想对数据框中每一列的平方求和，同时忽略 NA 值并分配给一个新向量。我可以获得适用于 1 列的代码，但我想使用 mapply函数或类似的东西同时获取所有列的值并分配给一个新向量。

我有以下单列代码

myvector <- sum(na.omit(df[,2] - mean(df[,2))^2))这适用于 1 列

我已经为整个数据框尝试了以下操作

myvector <- (mapply(na.omit(sum(df[,2:11] - mean(df[,2:11]))^2)))

我收到错误消息“match.fun(FUN) 错误:c(”“na.omit(sum(df[,2:11] - mean(df[, is not a function, character or symbol”, 2:11]))^2 不是函数字符或符号

和

myvector <- (mapply(sum(na.omit(df[,2:11] - mean(df[,2:11]))^2)))

但是得到这个错误:

Error in sum(na.omit, df[, 2:11] - mean(df[, :invalid 'type' (closure) of argumentIn addition: Warning message:In mean.default(df[, 2:11]) :argument is not numeric or logical: returning NA

我的想法是 na.omit 在错误的位置，但我不知道它应该放在哪里。

Answer 1

您可以转置数据、减去列均值，然后计算平方和。

rowSums((t(df[-1]) - colMeans(df[-1], na.rm = TRUE))^2, na.rm = TRUE)

此外，您可以将每列的样本方差与非缺失值的相应长度相乘减去 1，以获得平方差之和。

sapply(df[-1], var, na.rm = TRUE) * (colSums(!is.na(df[-1])) - 1)

# Lab1  Lab2  Lab3  lab4  lab5  lab6  lab7  lab8  lab9 lab10 
# 0.04  0.31  0.04  0.01  0.04  0.02  0.12  0.07  0.02  0.09

公式: