python - SciPy cdist 速度差异

Question

我很好奇为什么下面的 cdist 尽管产生相同的结果但在时间上却有如此大的差异:

import numpy as np
from scipy.spatial.distance import cdist

x = np.random.rand(10_000_000, 50)
y = np.random.rand(50)

result_1 = cdist(x, y[np.newaxis, :])

result_2 = cdist(x, y[np.newaxis, :], `minkowski`, p=2.)

result_1 明显快于 result_2。

Answer 1

欧氏距离的 C 实现，source lines 50-66 ，使用乘法和 sqrt() 调用，而 Minkowski 距离 source lines 381-391基于对 pow() 函数的更慢调用。

供引用，参见讨论 here和 here将 pow 与乘法和 sqrt 进行比较。

因此，尽管欧几里得范数看起来只是称为 Minkowski 范数，source line 614 , cdist 实际上是 calls directly through到代码不同的 C 实现。实际执行时并没有调用python的euclidean函数。