python-3.x - 使用 setuptools 在 python 包中链接 f2py 生成的 *.so 文件

Question

我希望使用 setuptools 将包部署到 PyPi。但是，包的核心部分实际上是用Fortran编写的，我使用f2py将其包装在python中。基本上项目的结构如下所示:
我的项目

许可证.txt

README.md

setup.py

我的项目

初始化 .py

myfunc.py

hello.so

模块 myfunc.py 导入 hello.so ( import my_project.hello )，然后可以被 myfunc.py 中的函数使用。这在我的机器上完美运行。
然后我尝试了标准 setuptools 安装: sudo python3 setup.py install在我的 Ubuntu 上，它安装得很好。但不幸的是，在导入时，它抛出 ModuleNotFoundError: No module named 'hello' .
现在，据我所知，在基于 Linux 的系统上，对于 python，共享库 *.so 存储在 /usr/lib/python3/dist-packages/ 中。 .所以我手动复制了这个 hello.so在那里，我得到了一个工作包!但当然这仅适用于本地。我想做的是告诉 setuptools 包含 hello.so在 python-egg 内部并自动进行复制等操作，以便当用户使用时 pip3 install my_package ，他们将自动访问此共享库。我可以看到 numpy 以某种方式实现了这一点，但即使查看了他们的代码，我也无法解码他们是如何做到的。有人可以帮我弄这个吗？提前致谢。

Answer 1

这是基于 F2PY's documentation 的方法(该示例涵盖构建多个 F2PY 模块，以及每个模块的多个源文件)，利用 numpy.distutils ，支持 Fortran 源文件。
具有多个 F2PY 扩展模块的最小示例的结构基于 src directory layout .它不是必需/必需的，但具有以下优点:除非已成功安装包，否则测试例程无法运行。
源布局

my_project
|
+-- src
|   |
|   +-- my_project
|       |
|       +-- __init__.py
|       +-- mod1.py
|       +-- funcs_m.f90
|       +-- two
|           |
|           +-- pluss2.f90
|           +-- times2.f90
|
+-- test_my_project.py
+-- setup.py

setup.py

from setuptools import find_packages

from numpy.distutils.core import setup, Extension

ext1 = Extension(name='my_project.modf90',
                 sources=['src/my_project/funcs_m.f90'],
                 f2py_options=['--quiet'],
                )

ext2 = Extension(name='my_project.oldf90',
                 sources=['src/my_project/two/plus2.f90', 'src/my_project/two/times2.f90'],
                 f2py_options=['--quiet'],
                )

setup(name="my_project",
      version="0.0.1",
      package_dir={"": "src"},
      packages=find_packages(where="src"),
      ext_modules=[ext1, ext2])

__init__.py

__init__.py文件为空。 (如果需要，可以例如在此处导入 F2PY 模块)

mod1.py

def add(a, b):
  """ add inputs a and b, and return """
  return a + b

funcs_m.f90

module funcs_m
  implicit none
  contains
    subroutine add(a, b, c)
      integer, intent(in)  :: a
      integer, intent(in)  :: b
      integer, intent(out) :: c
      c = a + b
    end subroutine add
end module funcs_m

plus2.f90

subroutine plus2(x, y)
  integer, intent(in)   :: x
  integer, intent(out)  :: y
  y = x + 2
end subroutine plus2

times2.f90

subroutine times2(x, y)
  integer, intent(in)   :: x
  integer, intent(out)  :: y
  y = x * 2
end subroutine times2

test_my_project.py

import my_project.mod1
import my_project.oldf90
import my_project.modf90

print("mod1.add:            1 + 2 = ", my_project.mod1.add(1, 2))
print("modf90.funcs_m.add:  1 + 2 = ", my_project.modf90.funcs_m.add(1, 2))
x = 1
x = my_project.oldf90.plus2(x)
print("oldf90.plus2:        1 + 2 = ", x)
x = my_project.oldf90.times2(x)
print("oldf90.plus2:        3 * 2 = ", x)

安装
现在，可以使用 pip安装软件包。有几个 advantages使用 pip (包括易于升级或卸载)而不是 setup.py install (但这仍然可以用于构建分发包!)。来自包含 setup.py 的目录:

> python -m pip install .

测试
然后，测试刚刚安装的包

> python test_my_project.py
mod1.add:            1 + 2 =  3
modf90.funcs_m.add:  1 + 2 =  3
oldf90.plus2:        1 + 2 =  3
oldf90.plus2:        3 * 2 =  6

此设置已在 Windows 10(带 ifort)、Ubuntu 18.04(带 gfortran)和 MacOS High Sierra(带 gfortran)上成功测试，全部使用 Python 3.6.3。