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r - 相关图阵列

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-04 15:07:34 26 4
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从老鼠实验中,我有大约 50 只老鼠的数据,这些数据来自大约 15 种不同的指标。我生成了每个指标与每个其他指标的相关图列表,以确定哪些测量相互关联,哪些不相关。

library(ggplot2)
df <- structure(list(mouse_ID = c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L,
10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 22L, 23L, 24L, 25L,
26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 31L, 32L, 33L, 34L, 35L, 36L, 37L, 38L,
39L, 40L, 41L, 42L, 43L, 44L, 45L, 46L, 47L, 48L, 49L, 50L, 51L,
52L, 53L, 54L, 55L), treatment = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 5L,
5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L
), .Label = c("not challenged", "vehicle control", "high",
"medium", "low", "reference"
), class = "factor"), value.x = c(0.003725, 0.0208, 0.004475,
0, 0.00895, 1.00625, 1.0125, 1.014, 1.1025, 0.925, 0.897, 0.99,
1.1495, 1.0125, 1.08, 0.88425, 1.001, 0.864, 0.89175, 0.9425,
0.943, 1.07325, 0.73575, 0.606, 0.682, 0.79925, 0.87, 0.60225,
0.756, 0.891, 0.6555, 0.572, 0.253, 0.255, 0.396, 0.4495, 0.299,
0.39, 0.3, 0.5365, 0.378, 0.475, 0.73575, 0.4895, 0.468, 0.90625,
0.3905, 0.4995, 0.60375, 0.744, 0.75, 0.5535), value.y = c(0,
0, 0, 0, 0, 5.775, 4.6875, 4.992, 7.245, 6.0125, 3.795, 4.99125,
7.26275, 4.35375, 4.3875, 3.6025, 4.389, 3.852, 3.444, 4.205,
5.207, 4.77, 3.052, 2.65125, 2.024, 3.6835, 2.9, 1.5695, 2.7,
2.619, 2.964, 1.936, 0.539, 0.408, 1.056, 1.085, 0.897, 0.795,
0.5, 1.0915, 0.5355, 0.575, 2.8885, 2.0915, 1.755, 3.40625, 1.42,
1.6095, 2.835, 2.3715, 2.7, 1.927)), row.names = c(NA, -52L),
class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))

ggplot(data = df, aes(x = value.x, y = value.y)) +
geom_point(aes(color = treatment)) +
geom_smooth(method = lm, se = TRUE)
#> `geom_smooth()` using formula 'y ~ x'
事实证明,一长串超过 100 个地块真的很难接受,而且每个地块上的信息都相对较少。我想将这些线性图排列在 15 x 15 测量值的网格中,并通过背景颜色可视化线性模型的相关系数并覆盖线性模型和数据点。
这在 ggplot 中是否可行?我可以使用其他工具吗?如果是这样,我应该如何安排数据结构?我很乐意处理此类模型的 purrr 和嵌套列表,但我想在这种情况下,长列表似乎并不理想——矩阵式排列会更好地适合输出。
关于如何解决这个问题的任何想法或建议?

创建于 2021-01-20 由 reprex package (v0.3.0)
抱歉,我的解释不清楚。我上面显示的数据只是可用数据的一小部分。在这里,我绘制了两个读数的线性相关性。但是我有十多个读数用于成对比较。我正在寻找这样的东西:

每个图块都应按线性模型的度量(例如相关系数或 p 值)着色,但还应显示图形数据和线性模型的叠加。

最佳答案

GGally绝对是我要找的。它易于使用,并且有许多我需要探索的有用绘图选项。
enter image description here
事实证明,当网格变大时,可能会出现一些问题,现在我不清楚这是数据问题还是绘图功能的限制。有很多东西需要探索,但完成第一个情节的简单性很棒。
现在要弄清楚如何通过整体相关系数来缩放每个小图的背景颜色!
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关于r - 相关图阵列,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/65820664/

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