r - 为原始函数的隐式 S4 泛型添加额外参数

Question

取函数names :这是 R 中的原始函数。对于原始函数，创建了隐式 S4 泛型，因此可以为该函数构造 S4 方法。

以定义如下的 S4 类为例:

setClass("aClass",
         representation=list(
           values = "character",
           id = "numeric"
           ),
         prototype=list(
           values = character(0),
           id = numeric(0)),
         validity=function(object){
           length(object@values)==length(object@id)
         }
        )

现在我想创建一个函数来提取已排序或未排序的名称。我想使用函数 names 来做到这一点避免必须创建新函数 getNames()或者其他什么，因为这不太直观。

下面给出了需要做什么的想法:

setMethod("names",signature="aClass",
   function(x,ordered=TRUE){
      if(ordered)
        x@values[x@id]
      else
        x@values
   }

这行不通，因为 names是一个原始函数和 ordered不是隐式泛型的参数。

我怎样才能在以下条件下进行这项工作:

names函数应该为所有其他对象保持其原始行为，包括来自其他包的对象。

该代码应该可以用于包

该代码应符合 Bioconductor 等制定的高标准。

Answer 1

泛型可作为

> getGeneric("names")
standardGeneric for "names" defined from package "base"

function (x) 
standardGeneric("names", .Primitive("names"))
<environment: 0x459c9c0>
Methods may be defined for arguments: x
Use  showMethods("names")  for currently available ones.

所以从签名中你可以看到简短的回答是你不能添加参数。您绝对不想创建自己的函数 names .黑客将使用包全局变量 getOption("pkg_names_ordered")但我自己不会参与该解决方案。

在某些方面由 names 规定的契约(Contract)没有说明顺序(例如，名称和数字索引通常用于子集；是有序名称的数字索引还是无序名称？)，因此您实际上是在提议一个新的泛型。