R foreach 不使用多核

Question

我有一个案例，其中 foreach使用 doMC作为后端在不同的机器上产生不同的行为。

在运行 Ubuntu 12.04.4 LTS 的 linux 服务器上，以下代码(改编自 foreach vingette)在单个内核上同时运行 5 个作业，这不是所需的行为。

library(foreach)
library(doMC)

registerDoMC(cores=5)
getDoParWorkers()

x <- iris[which(iris[,5] != "setosa"), c(1,5)]
trials <- 10000
r <- foreach(icount(trials), .combine=cbind) %dopar% {
  ind <- sample(100, 100, replace=TRUE)
  result1 <- glm(x[ind,2]~x[ind,1], family=binomial(logit))
  coefficients(result1)
}

session 信息:

> sessionInfo()
R version 3.1.0 (2014-04-10)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C         LC_TIME=C            LC_COLLATE=C         LC_MONETARY=C       
 [6] LC_MESSAGES=C        LC_PAPER=C           LC_NAME=C            LC_ADDRESS=C         LC_TELEPHONE=C      
[11] LC_MEASUREMENT=C     LC_IDENTIFICATION=C 

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] doMC_1.3.3      iterators_1.0.7 foreach_1.4.2  

loaded via a namespace (and not attached):
[1] codetools_0.2-8 compiler_3.1.0  tools_3.1.0

在运行 OSX 10.7.5 的 Mac 上运行相同的代码会产生在 5 个不同内核上运行 5 个作业的期望和预期行为。

session 信息:

> sessionInfo()
R version 3.0.1 (2013-05-16)
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)

locale:
[1] C

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] doMC_1.3.2      iterators_1.0.6 foreach_1.4.1  

loaded via a namespace (and not attached):
[1] codetools_0.2-8 compiler_3.0.1  tools_3.0.1

我还观察到使用其他并行后端的相同行为。两台机器都有 20 多个内核。关于发生了什么的任何想法？

Answer 1

该问题是由 OpenBLAS 引起的。切换到 ATLAS 解决了这个问题。在 Linux 中切换 BLAS 库的方法在 Nathan VanHoudnos's blog :

在 BLAS 库之间切换

现在我们可以在安装的不同 BLAS 选项之间切换:
sudo update-alternatives --config libblas.so.3gf
替代 libblas.so.3gf 有 3 种选择(提供/usr/lib/libblas.so.3gf)。

Selection Path Priority Status
------------------------------------------------------------
* 0 /usr/lib/openblas-base/libopenblas.so.0 40 auto mode
1 /usr/lib/atlas-base/atlas/libblas.so.3gf 35 manual mode
2 /usr/lib/libblas/libblas.so.3gf 10 manual mode
3 /usr/lib/openblas-base/libopenblas.so.0 40 manual mode
Press enter to keep the current choice[*], or type selection number:

旁注:如果以上返回:

 update-alternatives: error: no alternatives for libblas.so.3gf

尝试

 sudo update-alternatives --config libblas.so.3