r - 向脊线图添加显着性括号

Question

我正在创建一个山脊图来比较几个组(使用 ggridges 包)，并想添加显着性括号以显示某些组水平之间的比较(使用 ggsignif 包)。

但这似乎不起作用，因为在 stat_ggsignif 中计算失败。

这是一个可重现的例子:

set.seed(123)
library(ggsignif)
library(ggridges)
library(ggplot2)

ggplot(iris, aes(x = Sepal.Length, y = Species)) +
  geom_density_ridges(scale = 1) +
  coord_flip() + 
  geom_signif(comparisons = list(c("setosa", "versicolor")))
#> Picking joint bandwidth of 0.181
#> Warning in f(..., self = self): NAs introduced by coercion
#> Warning: Computation failed in `stat_signif()`:
#> missing value where TRUE/FALSE needed

^{由 reprex package 创建于 2021-07-29 (v2.0.0)}

我怎样才能让这两个包一起工作？谢谢。

Answer 1

我没能将 A) geom_density_ridges 和 B) geom_signif 结合起来。原因是(A)要求数值变量为x，类别为y，而(B)要求数值变量为y，类别为x。而且我还没有设法覆盖这种行为。但我假设您选择了 ridge_plots 而不是简单的箱线图，因为您对更丰富的分布可视化感兴趣。为此，有一个比 ridge_plots 更好的解决方案，即所谓的 fiddle 图。请参阅下面的标准箱线图(已标记显着性):

ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species)) + 
  geom_boxplot() + 
  geom_signif(comparisons = list(c("setosa", "versicolor")), test = "t.test")

请看下面的 fiddle 图(带有抖动和标记的显着性):

ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Length, fill = Species)) + 
  geom_violin(trim = F) + geom_jitter() +
  geom_signif(comparisons = list(c("setosa", "versicolor")), test = "t.test")

除非您特别有兴趣让 ggridges 和 ggsignif 一起工作，否则这会起作用。请注意， fiddle 图只是一个折叠密度图(有关详细信息，请参阅 https://en.wikipedia.org/wiki/Violin_plot#:~:text=A%20violin%20plot%20is%20a,by%20a%20kernel%20density%20estimator)。

同理，另见sina图(tjebo建议):

library(ggforce)
ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Length, colour = Species)) + 
  geom_sina() +
  geom_signif(comparisons = list(c("setosa", "versicolor")), test = "t.test")