R/Sweave 参数

Question

我正在使用 R 和 Sweave 生成​​报告。

R CMD Sweave MyReport.Rnw

我希望能够向 R 代码发送参数，因为报告当然是 “动态” .所以，我希望能够做这样的事情:

R CMD SWeave MyReport.Rnw PatientId=5

...并让 R 代码读取 PatientId变量中的值...

我该怎么做呢？有人提到使用环境变量，但这似乎是一个不优雅的解决方案。

Answer 1

要获取从 R 命令行传递的参数，您可以使用函数 commandArgs() ，可惜R CMD Sweave不支持额外的命令行选项。但是，您仍然可以通过 R -e 调用 Sweave ，例如

R -e "Sweave('MyReport.Rnw')" --args PatientId=1

在 MyReport.Rnw , 你在 commandArgs(TRUE) 上做一些文本处理，它给你一个字符串 PatientId=1在这种情况下。

但我相信更好的做法是使用函数 Sweave()直接在 R 脚本中；例如在这种情况下，您可以在脚本中编写流程，例如

PatientId <- 1
Sweave("MyReport.Rnw")

并在 MyReport.Rnw您使用全局变量 PatientId直接地。如果你想生成一系列的报告，你甚至可以使用循环 for PatientId .